结论：二手车交易发票代开收取100元费用是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从税务法规角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税务规定，发票的开具应当遵循真实、合法、有效的原则，且不得收取除税款以外的其他费用（特定服务如代开可能涉及的服务费除外，但需明确约定并合法合规）。
   • 如果这100元费用是作为代开发票的服务费，且该服务费在税务部门有明确规定或备案，同时代开行为本身符合税务规定（如代开主体具备合法资质、代开内容真实等），则收取该费用可能是合法的。
   • 但，如果代开行为本身不符合税务规定（如无资质代开、代开虚假发票等），或者收取的100元费用没有合法依据（如未明确约定服务费、未备案等），则该费用收取是不合法的。

2. 从合同关系角度：

   • 如果二手车交易双方或其中一方与代开发票方之间存在明确的合同关系，且合同中明确约定了代开发票的费用为100元，同时该合同不违反法律法规的强制性规定，则收取该费用是合法的。
   • 然而，如果合同中没有明确约定代开发票的费用，或者约定不明确，或者合同本身存在违法情形（如欺诈、胁迫等），则收取该费用可能缺乏合法依据。

3. 从实际操作角度：

   • 在实际操作中，二手车交易发票的代开可能涉及多个环节和主体，如二手车交易市场、税务部门、第三方服务机构等。不同主体之间的费用结算和分配可能因地区、政策、市场等因素而有所不同。
   • 因此，要判断收取100元费用是否合法，还需要考虑当地的具体政策、市场惯例以及代开行为的具体操作方式等因素。

建议：

• 如果您是二手车交易的一方或代开发票方，建议您在代开发票前仔细了解当地的税务规定和政策，确保代开行为本身合法合规。
• 同时，建议您与对方明确约定代开发票的费用及支付方式，并在合同中明确记载，以避免后续纠纷。
• 如果您对代开发票的费用收取存在疑问或争议，建议您及时咨询当地税务部门或专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。

可能后果：

• 如果代开发票行为本身违法或收取费用缺乏合法依据，可能面临税务部门的处罚（如罚款、没收违法所得等）以及民事纠纷（如对方要求返还费用、赔偿损失等）。
• 因此，建议您在代开发票时务必谨慎操作，确保合法合规。