结论：公司有两个营业执照并不影响您进行劳动仲裁，关键在于确定与您建立劳动关系的主体，并据此选择正确的被申请人进行仲裁申请。

详细分析：

1. 确定劳动关系主体：

   • 首先，您需要明确自己是与哪个营业执照下的公司建立了劳动关系。这通常可以通过劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据来确定。
   • 如果您同时为两个营业执照下的公司工作，且都形成了劳动关系，那么您需要分别考虑与这两个公司的劳动关系情况，但在一次劳动仲裁中，通常只能针对一个被申请人提出申请。如果涉及多个劳动关系争议，可能需要分别提起仲裁或考虑其他法律途径。

2. 选择正确的被申请人：

   • 一旦确定了与您建立劳动关系的主体，即确定了正确的被申请人。在劳动仲裁申请中，您需要明确指出被申请人的名称、地址等信息，这些信息应与营业执照上的信息一致。
   • 如果公司有两个营业执照，但您只与其中一个建立了劳动关系，那么您只需将该营业执照下的公司作为被申请人。

3. 准备仲裁材料：

   • 在准备劳动仲裁材料时，除了基本的仲裁申请书、身份证明等文件外，还需要提供与被申请人建立劳动关系的证据，如劳动合同、工资条、工作证等。
   • 如果涉及工资、加班费、经济补偿等争议，还需要提供相关的计算依据和证据。

4. 提交仲裁申请：

   • 将准备好的仲裁材料提交给当地的劳动争议仲裁委员会，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和缴纳仲裁费用。
   • 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，会安排开庭审理并作出裁决。

特殊情况考虑：

• 如果两个营业执照下的公司存在关联关系，如母公司与子公司、总公司与分公司等，且您的工作内容涉及两个公司，那么在仲裁时可能需要考虑这种关联关系对劳动关系的影响。但无论如何，您都需要明确与哪个公司建立了劳动关系，并以此为基础进行仲裁申请。

建议：

• 在进行劳动仲裁前，建议您先收集并整理好与劳动关系相关的所有证据，以便在仲裁过程中有力地支持您的主张。
• 如果您对劳动仲裁流程或相关法律法规不熟悉，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导和建议。

总之，公司有两个营业执照并不影响您进行劳动仲裁，关键在于确定与您建立劳动关系的主体，并据此选择正确的被申请人进行仲裁申请。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。