当面对老板拥有两个公司且您需要提交劳动仲裁的情况时，这确实是一个相对复杂但至关重要的问题。以下是我为您详细梳理的步骤和建议，帮助您正确提起劳动仲裁并维护自身权益：
一、明确劳动仲裁的主体和性质
确定劳动关系主体：
- 首先，您需要明确自己与哪一个公司建立了劳动关系。这通常可以通过劳动合同、工资发放记录、工作安排等证据来确定。
- 如果两个公司在业务范围、人员管理、财务等方面高度混同，导致您难以区分实际用人单位，那么您可以将两个公司列为共同被申请人。
区分劳动争议性质：
- 明确您是与哪一个或哪几个公司发生的具体劳动争议，如工资支付问题、劳动合同解除问题等。
- 如果两个公司涉及同一劳动争议，您可以要求它们承担连带责任；若不属于同一劳动争议，则应分别处理。
二、准备仲裁资料
劳动仲裁申请书：
- 撰写一份详细的劳动仲裁申请书，明确您的仲裁请求、事实和理由。
劳动关系证明材料：
- 收集并整理能够证明您与用人单位之间存在劳动关系的材料，如劳动合同、工作证、考勤记录、工资发放记录等。
- 如果涉及混同用工，还需收集能够证明两个公司混同用工的证据，如工作安排、人员调配、财务往来等。
证据材料：
- 收集与仲裁请求相关的证据，如加班证据、未足额支付工资的证据、违法解除劳动合同的证据等。
- 确保所有证据真实、合法、有效，且能够形成完整的证据链。
被申请人的工商登记信息：
- 获取两个公司的工商登记信息，以确认它们的法律地位和经营范围。
三、提交仲裁申请
选择有管辖权的劳动仲裁委员会：
- 一般来说，劳动仲裁委员会是劳动合同履行地或者用人单位所在地的仲裁委。您可以选择其中一个有管辖权的仲裁委提交申请。
提交申请书及证据材料：
- 将准备好的劳动仲裁申请书及相关证据材料提交给选定的劳动仲裁委员会。
四、等待受理通知并参加庭审
等待受理通知：
- 劳动仲裁委员会在收到申请书之日起五日内会作出是否受理的决定，并通知您。
参加庭审：
- 如果仲裁委同意受理，会安排开庭审理。您需要按时参加庭审，明确仲裁请求，进行陈述和质证。
- 在庭审过程中，保持冷静和理性，如实陈述事实，提供证据支持自己的仲裁请求。
五、接受仲裁裁决并执行
接受仲裁裁决：
- 劳动仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律规定，作出具有法律效力的仲裁裁决。
- 您需要认真阅读裁决书，了解裁决结果和执行方式。
执行裁决：
- 如果裁决结果对您有利，但对方未履行裁决义务，您可以向人民法院申请强制执行。
六、注意事项
仲裁时效：
- 劳动者需注意仲裁时效，一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。超过时效可能会影响仲裁请求的受理。
证据收集：
- 在申请劳动仲裁前，尽可能全面、客观地收集与劳动争议相关的证据。证据应真实、合法、有效，且能够形成完整的证据链。
法律程序：
- 遵循法律程序进行申请和裁决，如实陈述事实，提供证据，并按时参加庭审等。不遵守法律程序可能会影响仲裁结果的公正性和有效性。
希望以上建议能够帮助您正确提起劳动仲裁并维护自身权益。如果您在过程中遇到任何困难或疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律帮助。