被有组织跟踪但缺乏直接证据时，公安机关一般不会直接立案，但可通过其他途径推动调查并固定证据，后续视证据情况决定是否立案。具体处理方式如下：

一、关于立案的法律规定与证据要求

1. 立案标准
   根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关立案需满足“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”的条件。对于“有组织跟踪”（可能涉及《刑法》第293条之一【催收非法债务罪】或第238条【非法拘禁罪】等），需证明存在持续性、有组织的跟踪行为，且达到“情节恶劣”或“造成严重后果”的程度。

2. 证据要求

   • 直接证据：如监控录像、目击证人证言、跟踪者与组织者的通信记录等。
     
   • 间接证据：如被跟踪者的陈述、手机定位记录、消费记录（证明被跟踪者因跟踪产生异常行为）等。
     若缺乏直接证据，公安机关可能以“证据不足”为由不予立案，但可通过补充调查固定证据。

二、无证据时的处理步骤

1. 立即报警并固定初步证据

   • 报警记录：即使无直接证据，也应第一时间报警，公安机关会出具《受案回执》，并记录报案内容。
     
   • 自我取证：
     
     • 记录跟踪时间、地点、行为特征（如尾随、窥视等）；
       
     • 保存手机定位、通话记录、短信/社交软件威胁信息；
       
     • 安装隐蔽摄像头或录音设备（需注意合法性，避免侵犯他人隐私）；
       
     • 寻找目击证人（如邻居、路人）并记录联系方式。

2. 申请公安机关调查取证

   • 公安机关有权调取公共区域监控、通信记录、银行流水等证据；
     
   • 若跟踪行为涉及公共安全（如多次在住宅、工作场所附近出现），公安机关可能启动技术侦查手段（如手机定位追踪）。

3. 向检察机关申请立案监督

   • 若公安机关不予立案，可向同级人民检察院申请立案监督（《刑事诉讼法》第113条）；
     
   • 需提交报案记录、初步证据材料及公安机关不予立案通知书（如有）。

4. 提起民事诉讼或申请人身安全保护令

   • 民事诉讼：以侵犯隐私权、名誉权等为由起诉跟踪者，要求停止侵害、赔偿损失（《民法典》第1032-1033条）；
     
   • 人身安全保护令：若跟踪行为构成家庭暴力（如配偶、前配偶跟踪），可向法院申请保护令（《反家庭暴力法》第23条）。

三、关键风险提示

1. 证据合法性：自行取证时需避免非法手段（如侵入他人住宅、窃听通话），否则证据可能被排除。
   
2. 组织性证明：若怀疑“有组织”跟踪，需重点收集成员间联系、分工的证据（如群聊记录、资金往来）。
   
3. 及时性：跟踪行为可能升级为暴力犯罪，需尽快通过法律途径制止。

建议：立即报警并同步收集证据，若公安机关未立案，可联系我进一步分析证据链完整性，或协助申请检察机关监督。