结论：交完税金后挂靠公司扣附加税6个点是否合法，需根据具体情况判断，若该附加税有明确的法律依据且扣除比例合理，则可能合法；若无明确依据或扣除比例不合理，则可能不合法。以下从多个角度进行分析：

一、附加税的法律依据

附加税通常是在正税（如增值税、所得税等）的基础上，按照一定比例额外征收的税种。其征收必须有明确的法律依据，如《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税收法规。若挂靠公司扣除的附加税有明确的法律条文支持，且扣除比例符合法律规定，那么这种扣除行为在法律上是站得住脚的。

二、扣除比例的合理性

即使附加税的征收有法律依据，扣除比例也必须合理。6个点的扣除比例是否合理，需要参考相关税收法规及行业惯例。如果这一比例明显高于行业平均水平或法律规定的上限，那么挂靠公司的扣除行为就可能构成不合法。

三、合同或协议的约定

在挂靠关系中，双方通常会签订合同或协议，明确各自的权利和义务。如果合同或协议中明确规定了附加税的扣除比例和方式，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么挂靠公司按照约定扣除附加税就是合法的。反之，如果合同或协议中没有相关规定，或者规定与法律法规相冲突，那么挂靠公司的扣除行为就可能面临法律风险。

四、实际操作中的注意事项

1. 核实法律依据：在面对挂靠公司扣除附加税的情况时，首先要核实该附加税是否有明确的法律依据，以及扣除比例是否合理。
2. 审查合同或协议：仔细审查与挂靠公司签订的合同或协议，看其中是否有关于附加税扣除的约定，以及这一约定是否合法有效。
3. 咨询专业人士：如果对附加税的扣除有疑问或不确定，建议咨询专业的税务律师或税务机关，以获取准确的法律意见和税务指导。

五、可能的法律后果

如果挂靠公司扣除附加税的行为不合法，可能面临以下法律后果：

1. 税务处罚：税务机关可能对挂靠公司进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
2. 合同纠纷：如果因附加税扣除问题引发合同纠纷，挂靠公司可能需要承担违约责任，赔偿因此给对方造成的损失。
3. 声誉损害：不合法的税务行为还可能对挂靠公司的声誉造成损害，影响其未来的业务发展和合作机会。

建议：在面对挂靠公司扣除附加税的情况时，务必保持谨慎和理性，核实法律依据、审查合同或协议、咨询专业人士，以确保自己的合法权益不受侵害。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。