公司支付的赔偿金是否扣税，主要取决于赔偿金的性质、数额以及当地上年职工平均工资水平，存在合法扣税与不扣税两种情况。以下是对此问题的详细分析：
一、不需要扣税的情况
法规依据：
- 根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）第五条规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。
实例说明：
- 假设某地上年职工平均工资为5万元，则当地上年职工平均工资3倍数额为15万元。若公司因搬迁、裁员等原因与员工解除劳动关系，给予的赔偿金不超过15万元，这部分收入即免征个人所得税。
二、需要扣税的情况
超出部分的税务处理：
- 对于超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表进行计算纳税。
税率及计算方式：
- 根据综合所得税率表，不同应纳税所得额对应不同的税率和速算扣除数。例如，全年应纳税所得额超过36000元至144000元的部分，税率为10%，速算扣除数为2520元。具体应纳税额的计算方式为：应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。
实例说明：
- 继续上述例子，若员工因公司原因获得了20万元的赔偿金，超出3倍数额的部分为5万元。这5万元需要按照综合所得税率表进行计算纳税。假设该部分对应的税率为10%（实际税率需根据具体金额查表确定），则应纳税额 = 50000 × 10% - 2520（此处速算扣除数仅为示例，实际应查表确定）= 2480元（实际计算结果可能有所不同）。
三、特殊情况的税务处理
违法解除劳动合同的赔偿金：
- 如果公司违法解除劳动合同，需要向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿金的二倍。这部分赔偿金同样需要按照上述规则缴纳个人所得税。
特殊群体的补偿金：
- 对于孕期、产期、哺乳期女职工，以及工伤或职业病员工等特殊群体，即使被合法辞退，也需要按照相关法律规定支付额外的补偿金或补助金。这些额外支付的部分同样需要按照税法规定进行个人所得税的缴纳。
四、公司与员工的税务责任
公司的责任：
- 公司在支付赔偿金时，应确保遵循相关税收法规，对需要扣税的部分进行合法代扣代缴，并向员工提供完整的税务凭证。
员工的责任：
- 员工在收到赔偿金后，应了解自己的纳税义务，并按照规定及时申报和缴纳税款。如有任何疑问，可以直接向我咨询。
总结来说，公司支付的赔偿金是否扣税，需根据具体情况判断。在符合税法规定的前提下，部分赔偿金可免征个人所得税，超出部分则需依法纳税。公司与员工都应明确各自的税务责任，确保合法合规地处理税务问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。