结论前置：赔偿金与工资一起发放被扣税的情况，需根据赔偿金的性质来判断其是否应纳税以及纳税的具体方式。一般来说，如果是经济补偿金且符合一定条件，可能享受免税或减税优惠；而如果是赔偿金（如违约金、赔偿款等），则通常需要并入工资薪金所得中计征个人所得税。

详细分析：

1. 经济补偿金的税务处理：

   • 免税条件：根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税〔2001〕157号）规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定，计算征收个人所得税。
   • 计算公式：若经济补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额，则超出部分需纳税。具体计算公式为：应纳税额={〔一次性经济补偿收入-本地上年职工平均工资×3〕÷工作年限-费用扣除标准}×适用税率-速算扣除数。其中，工作年限超过12年的按12年计算，费用扣除标准为每月5000元（或根据最新个税法调整后的标准）。

2. 赔偿金的税务处理：

   • 一般原则：赔偿金（如违约金、赔偿款等）通常不属于经济补偿金的范畴，而是因个人违约或造成损失而支付的款项。这类赔偿金一般需要并入工资薪金所得中，按照个人所得税法规定的税率和速算扣除数计算应纳税额。
   • 特殊情况：如果赔偿金是因个人遭受人身伤害或财产损失而获得的，且符合相关税法规定的免税条件（如因自然灾害等不可抗力因素造成的损失赔偿），则可能享受免税优惠。但这种情况较为特殊，需具体分析。

3. 实际操作建议：

   • 核实赔偿金性质：首先，需要明确赔偿金的具体性质，是经济补偿金还是其他类型的赔偿金。这决定了其是否应纳税以及纳税的具体方式。
   • 咨询税务机关：由于税务处理可能因地区、政策等因素而有所不同，建议在实际操作前咨询当地税务机关或专业税务人员，以确保税务处理的准确性和合规性。
   • 保留相关证据：在处理赔偿金税务问题时，应保留好相关证据（如解除劳动合同协议、赔偿协议、支付凭证等），以便在税务机关进行核查时提供证明。

后续行动建议：如果您对赔偿金的税务处理仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。