辞退补偿金和工资一起发放，并不意味着一定会多扣税，但确实存在税务处理上的差异和需要注意的事项。以下从多个角度进行详细分析：

一、辞退补偿金与工资的税务处理原则

1. 工资：工资是劳动者通过正常提供劳动所获得的劳动报酬，属于劳动者的基本权益。在税务处理上，工资需要按照个人所得税法的规定，根据工资薪金所得来计算并缴纳个人所得税。

2. 辞退补偿金：辞退补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依据法律规定向劳动者支付的经济补偿。在税务处理上，辞退补偿金在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过部分则需按照个人所得税法的相关规定计算并缴纳个人所得税。

二、辞退补偿金与工资一起发放时的税务影响

1. 合并计算可能导致超额部分征税：如果辞退补偿金和工资一起发放，且辞退补偿金部分超过了当地上年职工平均工资的3倍，那么超额部分将需要缴纳个人所得税。这可能导致整体税负增加，因为辞退补偿金原本在免税额度内的部分也可能因合并计算而被纳入征税范围（但实际操作中，税务部门通常会允许分别计算，以避免这种情况）。然而，从严格税务合规的角度，若未明确区分，可能存在被合并计税的风险，进而可能产生“多扣税”的误解或实际结果。

2. 分开计算更有利于税务合规：为了避免税务问题，建议用人单位将辞退补偿金和工资分开计算和发放。这样，辞退补偿金在免税额度内的部分可以免征个人所得税，而工资部分则按照正常的工资薪金所得来计算并缴纳个人所得税。

三、实际操作建议

1. 明确区分发放：用人单位在支付辞退补偿金和工资时，应明确区分两笔款项，并在支付凭证上注明款项性质。这有助于避免税务上的混淆和不必要的麻烦。

2. 咨询税务部门：由于税务政策可能会随时间变化，用人单位在支付辞退补偿金和工资前，应咨询当地税务部门或专业税务人员，以获取最新、最准确的信息和税务处理建议。

3. 保留相关证据：劳动者在收到辞退补偿金和工资后，应保留好相关证据（如支付凭证、离职证明等），以便在必要时进行维权或咨询税务问题。

四、举例说明

假设某地区上年职工平均工资为5万元/年（即约4167元/月），3倍数额为15万元。某职工获得的辞退经济补偿金为12万元（未超过免税额度），同时该月工资为8000元。

• 如果分开发放：辞退补偿金12万元免征个人所得税；工资8000元按照正常的工资薪金所得来计算并缴纳个人所得税。
• 如果一起发放：虽然理论上税务部门应允许分别计算，但若未明确区分，可能存在被合并计税的风险。假设合并后按工资薪金所得计税（仅作示意，实际税务处理可能不同），则可能因辞退补偿金部分推高整体收入，导致适用更高税率，从而增加税负。

综上所述，辞退补偿金和工资一起发放并不一定会多扣税，但为了避免税务问题和确保税务合规，建议用人单位将两笔款项分开计算和发放。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。