关于医用耗材招标一采三年，招标代理费收三年是否合法的问题，这主要取决于招标文件中的具体规定以及双方当事人的约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
招标文件的规定：
- 招标文件是招标活动的法律性文件，它规定了招标程序、评标标准、合同条款等关键内容。如果招标文件中明确规定了招标代理费按三年收取，并且这一规定不违反相关法律法规的强制性规定，那么这种收费方式在法律上是可行的。
- 反之，如果招标文件中没有明确规定或者规定与相关法律法规相冲突，那么招标代理费按三年收取可能缺乏合法依据。
双方当事人的约定：
- 除了招标文件的规定外，招标人和招标代理机构之间还可以通过合同来约定招标代理费的收取方式和期限。如果双方在合同中明确约定了招标代理费按三年收取，并且这一约定是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，那么这种收费方式也是合法的。
- 需要注意的是，合同中的约定应当明确、具体，并且符合公平、诚实信用的原则。如果约定模糊或者存在显失公平的情况，可能会引发法律纠纷。
相关法律法规的考量：
- 在判断招标代理费按三年收取是否合法时，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例对招标代理费的收取有明确的规定，包括收费标准、收费方式等。如果招标代理费按三年收取违反了这些规定，那么这种收费方式就是不合法的。
- 此外，还需要考虑是否存在利用招标活动进行不正当竞争或者谋取私利的情况。如果招标代理费按三年收取是为了规避法律法规的监管或者谋取不正当利益，那么这种收费方式也是不合法的。
建议：
- 对于招标人来说，在签订招标文件和合同前，应当仔细审查其中的条款，确保招标代理费的收取方式和期限符合相关法律法规的规定和双方的真实意思表示。
- 对于招标代理机构来说，应当遵守相关法律法规和行业规范，合理确定招标代理费的收取方式和期限，避免引发法律纠纷。
- 如果双方对招标代理费的收取方式和期限存在争议，可以通过协商、调解或者诉讼等方式解决。
总结：医用耗材招标一采三年，招标代理费收三年是否合法，取决于招标文件的规定、双方当事人的约定以及相关法律法规的考量。如果符合相关法律法规的规定和双方的真实意思表示，那么这种收费方式是合法的；反之，则可能缺乏合法依据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。