关于招标代理费是否可以按三年收取的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体的招标项目情况、合同条款以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细解答：

一、招标代理费收取的基本原则

招标代理费的收取通常遵循市场调节机制，即根据国家发展改革委的相关规定，代理服务收费已实行市场调节价。这意味着，招标代理费的收取标准并非固定不变，而是可以根据市场竞争状况、项目复杂程度、合同延续的不确定性以及代理工作量分布特征等因素进行协商确定。

二、一次招标三年沿用项目的特殊性

对于采用“一次招标三年沿用、分三个年度分别签订合同”方式实施的项目，其招标代理费的收取存在特殊性。这类项目虽然是一次招标，但中标方实际可获得潜在三年合同权益，后续年度合同续签存在不确定性。因此，在收取招标代理费时，需要充分考虑这些因素。

三、招标代理费收取的两种观点

1. 按首年预算金额收取：

   • 理由：采购数量及预算均按年度编制，投标报价仅针对首年度，代理机构后续年度未增加工作量。
   • 适用情况：适用于后续年度工作量变化不大，且合同续签风险较低的项目。

2. 按三年总中标金额收取：

   • 理由：尽管采购形式为一次性招标，但中标方实际可获得三年合同权益，从风险控制角度考虑，应一次性收取三年代理费。
   • 适用情况：适用于后续年度工作量可能较大变化，或合同续签存在较高不确定性的项目。

四、实际操作建议

1. 在委托代理协议及招标文件中明确：

   • 付费标准（按年或总额计算）；
   • 付费时间；
   • 具体结算方式。

2. 考量要素：

   • 市场竞争状况；
   • 项目复杂程度；
   • 合同延续的不确定性；
   • 代理工作量分布特征。

3. 遵循相关法律法规：

   • 确保招标代理费的收取符合《中华人民共和国国家发展和改革委员会令》（第31号）等相关规定；
   • 依法通过合同约定服务费用，避免产生法律纠纷。

五、结论

对于招标代理费是否可以按三年收取的问题，没有固定的答案。它取决于项目的具体情况、合同条款以及相关法律法规的规定。在实际操作中，建议招标人和代理机构根据项目的实际情况进行协商，并在委托代理协议及招标文件中明确付费标准、付费时间和具体结算方式，以确保双方的权益得到保障。