结论：单位在员工入职十二年后以文凭不合格为由解除劳动合同，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，这种解除行为可能面临较大的法律风险，被认定为违法的可能性较高。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同法的角度
诚实信用原则：
- 劳动合同的签订应遵循诚实信用原则。如果员工在入职时提供了虚假的文凭信息，这确实违反了诚实信用原则。然而，单位在入职时负有审核员工资质的义务，如果单位在入职时未尽到合理的审核义务，十二年后才以此为由解除劳动合同，可能被视为对自身权利的懈怠行使。
解除劳动合同的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，单位解除劳动合同需有合法的事由，并遵循法定的程序。如果单位以员工文凭不合格为由解除劳动合同，但无法证明员工在入职时故意隐瞒或提供虚假信息，或者单位在入职时已经知晓或应知员工文凭存在问题而未提出异议，那么单位的解除行为可能被视为违法。
时效性考虑：
- 劳动争议具有时效性。如果单位在员工入职十二年后才提出文凭不合格的问题，并试图以此为由解除劳动合同，可能面临超过时效性的风险。因为在这十二年间，单位有足够的时间和机会去发现并纠正这一问题。
二、从实际案例和司法实践的角度
类似案例的判决：
- 在司法实践中，类似案例的判决往往倾向于保护员工的权益。如果单位在入职时未尽到审核义务，或者在长时间内未对员工的文凭提出异议，后来突然以此为由解除劳动合同，法院可能会认为单位的解除行为缺乏合理性和正当性。
司法实践中的倾向：
- 司法实践通常倾向于维护劳动关系的稳定性和公平性。如果单位在员工入职多年后才提出文凭问题，并试图以此为由解除劳动合同，这可能会被视为对员工权益的不当侵害，从而不被法院所支持。
三、给单位的建议
加强入职审核：
- 单位在招聘员工时，应加强对员工资质的审核，确保员工提供的文凭等信息真实有效。这不仅可以避免后续的法律风险，还可以提高单位的用人质量。
及时提出异议：
- 如果单位在入职时发现员工的文凭存在问题，应及时提出异议，并与员工协商解决。如果单位选择继续聘用员工，则应视为对员工文凭的认可，后续不得再以此为由解除劳动合同。
合法解除劳动合同：
- 如果单位确实需要解除劳动合同，应确保有合法的事由，并遵循法定的程序。例如，单位可以与员工协商解除劳动合同，或者依据《劳动合同法》的相关规定，提前通知员工并支付经济补偿金等。
四、给员工的建议
保留证据：
- 如果员工认为单位的解除行为违法，应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、工作证明等，以便在后续的法律程序中维护自己的权益。
寻求法律援助：
- 员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。如果单位的解除行为确实违法，员工可以通过法律程序要求单位承担相应的法律责任。
综上所述，单位在员工入职十二年后以文凭不合格为由解除劳动合同，这一行为是否合法需根据具体情况来判断。但通常情况下，这种解除行为可能面临较大的法律风险。如果单位或员工对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。