结论：公司发工资流水上注明工资含加班费，但实际工资并不包含加班费，这一情况并不能直接说明公司“承认加班”，但确实反映出公司在工资发放和记录方面存在不规范或可能存在误导员工的情况。以下从不同角度进行分析：

一、工资流水与实际工资不符的法律意义

1. 工资流水的法律效力：工资流水是公司向员工支付工资的凭证，通常被视为双方之间工资支付关系的直接证据。如果工资流水上明确注明了工资包含加班费，而实际上并未支付，这可能构成公司对员工权益的侵害。

2. 实际工资的构成：根据《劳动法》及相关规定，员工的工资应当包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，以及按照国家规定应当支付的加班费。如果公司实际支付的工资中未包含加班费，而工资流水上却注明了包含，这显然与法律规定不符。

二、公司可能的行为及法律后果

1. 公司可能的行为：

   • 故意误导：公司可能为了降低用工成本，故意在工资流水上注明包含加班费，而实际上并未支付。
   • 记录错误：公司也可能由于疏忽或管理不善，导致工资流水记录错误。

2. 法律后果：

   • 补发加班费：如果公司确实未支付加班费，员工有权要求公司补发。根据《劳动法》第四十四条，加班费应当按照不低于工资的百分之一百五十（工作日）、百分之二百（休息日）或百分之三百（法定节假日）的标准支付。
   • 行政处罚：如果公司存在故意拖欠或克扣加班费的行为，劳动行政部门有权对公司进行行政处罚，包括罚款等。
   • 民事诉讼：员工还可以通过民事诉讼的方式，要求公司支付加班费及可能产生的经济补偿金。

三、员工的应对措施

1. 收集证据：员工应当收集工资流水、考勤记录、加班通知等相关证据，以证明自己确实存在加班情况且公司未支付加班费。

2. 与公司协商：在收集到足够证据后，员工可以与公司进行协商，要求公司补发加班费。

3. 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并处理。

4. 提起民事诉讼：如果劳动行政部门的处理结果不满意，员工还可以向法院提起民事诉讼，要求公司支付加班费及经济补偿金。

四、特殊情况考虑

• 合同约定：如果员工与公司之间的劳动合同中明确约定了加班费的支付方式和标准，且公司按照合同约定执行（尽管与工资流水不符），则可能需要根据合同具体内容来判断公司的行为是否合法。但通常情况下，合同约定不得违反法律法规的强制性规定。
• 公司规章制度：如果公司有明确的规章制度关于加班费的支付，且该制度经过民主程序制定并公示，员工也应当遵守。但如果制度本身违反法律法规，则员工有权拒绝执行并要求公司按照法律规定支付加班费。

建议：作为员工，如果发现公司存在工资流水与实际工资不符的情况，特别是涉及加班费的问题，应当及时收集证据并与公司沟通。如果沟通无果，可以向劳动行政部门投诉或提起民事诉讼来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。