增值税由买方承担在法律上是合法的，但具体合法性及实际操作需结合合同约定和税法规定来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、增值税的基本性质与纳税义务人

增值税是一种流转税，对商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值征收。根据我国税收法律法规，销售货物或提供应税劳务的单位和个人为增值税的纳税义务人。这意味着，从法律层面看，卖方是增值税的缴纳义务人，负责向税务机关申报并缴纳增值税。

二、合同约定的效力与增值税的实际承担

尽管税法规定了纳税义务人的身份，但并不禁止合同双方通过约定来改变税款的实际承担方式。在民事合同领域，只要合同双方关于增值税承担的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，该约定即具有法律效力。因此，商业合同中约定增值税由买方承担是合法的。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确约定条款：

   • 合同中应详细列明增值税的具体金额（或计算方式）、支付时间、支付方式等，以避免因约定不明而产生的纠纷。例如，可以约定：“本合同价款为不含税价X元，买方需按照税法规定的税率X%另行向卖方支付增值税款，该款项应于具体日期前支付至卖方指定账户。”

2. 发票开具与交付：

   • 合同应明确规定卖方开具增值税发票的时间、发票类型（如专用发票或普通发票）及交付方式。这是买方进行进项税额抵扣的重要依据，也是卖方履行纳税义务的重要证明。例如，可以约定：“卖方应在收到买方支付的全部款项后X个工作日内，向买方开具并交付符合税法规定的增值税专用发票。”

3. 税务合规与风险防控：

   • 卖方作为法定的纳税义务人，需确保按时足额缴纳增值税，避免因买方未按约定支付税款而面临税务机关的行政处罚。同时，买方也需关注卖方的税务合规情况，确保自身能够合法享受税收利益。

4. 税收政策变化应对：

   • 税率调整等税收政策变化可能影响买卖双方的实际税负。因此，合同中可以约定税收政策变化时的税费承担机制，以减轻因政策变化带来的不确定性风险。

四、特殊情况下的税务处理

在某些特殊的交易或政策背景下，政府可能出台特定政策规定税费的承担方式。例如，在某些税收优惠或扶持政策下，政府可能要求由买方代扣代缴增值税。这种情况下，买方虽然是代扣代缴义务人，但税费的实质承担者应根据政策规定来确定。

总结与建议：

增值税由买方承担在法律上是合法的，但具体合法性及实际操作需结合合同约定和税法规定来综合判断。在签订涉及增值税承担的合同时，建议双方充分沟通、明确约定，并咨询专业的税务顾问或律师（即向我咨询），以确保合同的合法性和有效性，并降低潜在风险。如果您有具体的合同或交易情况需要咨询，请随时向我提问，我将为您提供专业的法律意见。