针对原合同已执行超期的情况，新合同的签订需结合超期原因、双方意愿及法律风险综合判断，核心结论如下：
若超期因双方协商一致且无争议
可直接签订新合同，但需注意：
- 明确终止原合同：在新合同中写明“自本合同生效之日起，原合同（编号：XXX）终止，双方权利义务以本合同为准”，避免新旧条款冲突。
- 衔接条款：若原合同未履行完毕（如未结算款项、未完成交付），需在新合同中约定“原合同未履行部分纳入本合同继续执行”或“原合同剩余义务由新合同承接”。
- 超期责任豁免：若超期因双方协商延长履行期限，建议在新合同中明确“双方对原合同超期履行无争议，互不追究违约责任”。
若超期因一方违约导致
需先处理违约责任，再签订新合同：
- 违约方承担责任：若因一方（如甲方未付款、乙方未交付）导致超期，需在新合同中约定“违约方已向守约方支付违约金/赔偿金XX元，双方确认原合同违约问题已解决”。
- 风险隔离：若违约可能影响新合同履行（如乙方因超期丧失履约能力），需在新合同中增加“乙方承诺具备履行能力，否则承担XX责任”等条款。
- 保留证据：建议通过书面协议（如补充协议）确认违约事实及处理结果，避免新合同签订后被追责。
若超期因不可抗力或情势变更
可依据《民法典》调整合同内容：
- 不可抗力：若超期因自然灾害、政策变化等不可抗力导致，需在新合同中约定“因不可抗力导致原合同超期，双方互不承担责任，本合同对原合同未履行部分重新约定”。
- 情势变更：若超期因市场环境、成本变化等情势变更导致，可协商调整合同价格、履行期限等条款，并在新合同中明确“双方基于情势变更协商一致，对原合同条款作如下变更……”。
操作建议：
- 签订新合同前，建议双方对原合同履行情况进行书面确认（如签署《原合同履行情况说明》），明确超期原因、未履行部分及责任归属。
- 新合同条款需与原合同衔接，避免出现“空白期”或“重复履行”问题。
- 若涉及重大交易或复杂超期原因，建议委托律师起草或审核合同，降低法律风险。
如有具体合同类型或超期细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。