核心结论：上班一年多中间休假两个月工资的计算方式，需根据休假性质（如年假、病假、事假、产假等）以及公司规章制度、劳动合同约定和相关法律法规综合确定，以下分情况说明：

1. 年假休假
   根据《职工带薪年休假条例》，职工累计工作满1年不满10年的，年休假5天。若休假两个月中包含年假，年假期间工资应按正常工资标准支付（即扣除加班费后的月工资÷21.75天×年假天数）。若年假天数不足两个月，剩余休假需按其他性质处理。

2. 病假休假
   病假工资需根据当地规定和公司制度确定。例如：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期内公司需支付病假工资，最低不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例因地而异）；
     
   • 若医疗期超过法定标准（如工作满1年享3个月医疗期），公司可依法解除劳动合同并支付经济补偿。

3. 事假休假
   事假通常为无薪休假，公司有权不支付事假期间工资。但需注意：

   • 公司规章制度需明确事假无薪，且已通过民主程序公示（如职工代表大会讨论、员工签字确认）；
     
   • 若公司未明确规定，可能需按当地规定或劳动合同约定支付部分工资。

4. 产假/陪产假等法定休假
   根据《女职工劳动保护特别规定》，产假期间公司需按原工资标准支付生育津贴（或由社保基金支付）；陪产假、育儿假等假期工资需按当地规定执行，通常为正常工资。

5. 公司违法扣减工资的情形
   若休假性质为法定假期（如年假、产假），或公司规章制度未明确扣减规则，公司擅自扣减工资可能违法。此时可要求公司补发工资，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。

行动建议：

1. 核对劳动合同、公司规章制度中关于休假工资的条款；
   
2. 确认休假性质（如病假需医院证明，事假需公司批准）；
   
3. 若公司扣减工资无合法依据，可先与公司协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步细节（如休假类型、公司制度内容等），可直接向我咨询，我会结合具体情况分析。