针对您提出的“提交离职申请后发现怀孕怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及劳动法与个人权益的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、离职申请的合法性与效力

首先，需要明确的是，离职申请是您作为劳动者向用人单位发出的解除劳动合同的意思表示。一旦这份申请被用人单位接收并确认（无论是口头还是书面），它便产生了法律效力。这意味着，除非双方达成一致同意撤销或修改这份申请，否则您需要按照申请中的约定时间离职。

二、怀孕事实对离职申请的影响

在您提交离职申请后发现怀孕，这一事实本身并不直接改变离职申请的法律效力。因为，怀孕并不是法律上规定的可以撤销或无效离职申请的情形。关键在于，您在提交离职申请时是否知晓自己已经怀孕。

1. 如果不知晓怀孕：

   • 您在提交离职申请时，是基于个人原因或其他非怀孕因素作出的决定。
   • 这种情况下，离职申请是您的真实意思表示，合法有效。
   • 发现怀孕后，您不能单方面撤销离职申请，除非得到用人单位的同意。

2. 如果知晓怀孕但仍提交离职申请：

   • 这可能被视为您对自身权益的一种放弃或处分。
   • 除非存在欺诈、胁迫等法定情形，否则您同样不能单方面撤销离职申请。

三、与用人单位的协商与沟通

发现怀孕后，如果您希望继续留在公司工作，最合理的做法是与用人单位进行坦诚的沟通与协商：

1. 表达意愿：向用人单位说明您的情况，表达您希望继续工作的意愿。
2. 寻求理解：请求用人单位考虑您的特殊情况，给予一定的理解和支持。
3. 协商解决方案：与用人单位共同探讨可能的解决方案，如撤销离职申请、调整离职时间或安排其他合适的工作岗位等。

四、法律途径与风险提示

如果与用人单位的协商未能达成一致，您可能需要考虑通过法律途径来维护自己的权益。但在此之前，请务必注意以下几点：

1. 法律风险：根据现行法律规定，怀孕并不是可以单方面撤销离职申请的法定理由。因此，通过法律途径主张撤销离职申请可能面临较大的法律风险。
2. 证据收集：如果您决定通过法律途径解决问题，请务必收集并保存好相关证据，如离职申请、怀孕诊断证明、与用人单位的沟通记录等。
3. 专业咨询：在采取任何法律行动之前，建议您咨询专业的劳动法律师或法律机构，以获取更具体、更专业的法律建议。

五、特殊情况下的保护

虽然怀孕本身不能直接撤销离职申请，但法律对孕期女职工有特殊的保护规定。例如，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同（除非存在法定解除情形）。然而，这些规定并不适用于您已经主动提交离职申请的情况。

总结与建议

综上所述，提交离职申请后发现怀孕并不能直接撤销离职申请。如果您希望继续留在公司工作，建议与用人单位进行坦诚的沟通与协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果且您认为自己的权益受到侵害，可以考虑咨询专业律师或法律机构以获取更具体的法律建议。同时，也请您理解并尊重用人单位的合法权益和经营需要。