关于高标准农田种藕是否合法的问题，这主要取决于农田的具体性质以及相关的土地管理法规。

首先，我们需要明确的是，高标准农田中往往包含永久基本农田。根据《土地管理法实施条例》的相关规定，禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。这一规定明确指出了永久基本农田的主要用途，即应当优先用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品生产。因此，如果高标准农田中的部分或全部属于永久基本农田，那么在该农田上种藕（挖塘养鱼的一种形式）是不合法的。

其次，即使农田不属于永久基本农田，而是属于一般耕地，也需要遵循相关的土地管理规定。根据国务院办公厅出台的《关于防止耕地“非粮化”稳定粮食生产的意见》，耕地在优先满足粮食和食用农产品生产基础上，才可以适度用于非食用农产品生产。这意味着，在一般耕地上种藕也需要谨慎考虑，确保不会影响到粮食生产的安全和稳定。

此外，还需要考虑的是，不同地区可能根据当地的实际情况和政策导向，对农田的使用有更为具体和细致的规定。例如，某些地区可能为了推动特色农业的发展，允许在特定条件下在耕地上种植非粮食作物，但这通常需要经过相关部门的审批和许可。

综上所述，高标准农田种藕是否合法，需要具体看农田的性质以及当地的土地管理规定。如果农田属于永久基本农田，那么种藕是不合法的；如果属于一般耕地，也需要遵循相关的规定和政策导向，确保不会影响到粮食生产的安全和稳定。因此，在决定是否在高标准农田上种藕之前，建议先咨询当地的土地管理部门或农业部门，了解相关的政策和规定。