农田种莲藕是否合法，主要取决于农田的性质和用途以及是否遵守了相关法律法规。以下是从不同角度进行的分析：
基本农田的情况：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的规定，基本农田是受到严格保护的耕地，主要用于粮食生产。
- 如果农田被划定为基本农田，那么擅自将其改为莲藕种植是违法的。因为这改变了土地的农业用途，可能损害国家的粮食安全，违反了基本农田保护的相关规定。
一般耕地的情况：
- 对于非基本农田的一般耕地，其用途相对灵活一些。但即便如此，农民在改变土地用途时仍需遵循相关法律法规。
- 如果打算将一般耕地改为莲藕种植，可能需要办理必要的审批手续，如土地用途变更登记等。未经批准擅自改变土地用途，同样可能构成违法行为。
其他类型土地的情况：
- 如果农田原本就不是用于农业生产的土地（如建设用地、未利用地等），或者已经通过合法程序办理了土地用途变更手续，那么将其改为莲藕种植则不构成违法。
- 在这种情况下，由于土地用途已经合法变更，因此种植莲藕是合法的农业活动。
法律建议：
- 在决定将农田改为莲藕种植前，务必先了解清楚农田的性质和用途，以及是否需要办理相关审批手续。
- 如果对农田的性质和用途不确定，或者对相关法律法规不了解，建议咨询当地土地管理部门或农业部门，以获取准确的指导和建议。
- 遵守相关法律法规是每个人的责任和义务，擅自改变土地用途可能面临法律责任和处罚。
可能后果：
- 如果未经批准擅自将基本农田或一般耕地改为莲藕种植，可能面临土地管理部门的处罚，包括罚款、恢复土地原状等。
- 在严重情况下，如果擅自改变土地用途导致土地破坏或环境污染等后果，还可能承担刑事责任。
因此，在决定将农田改为莲藕种植前，请务必谨慎考虑并遵守相关法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。