关于水田种藕是否合法的问题，这主要取决于该水田是否被划定为永久基本农田以及具体的种植规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确永久基本农田的定义和用途。永久基本农田是按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。它主要用于种植粮食作物，如水稻、小麦、玉米等，以确保国家的粮食安全。

接下来，我们来看相关政策规定。根据《自然资源部农业农村部国家林业和草原局关于严格耕地用途管制有关问题的通知》以及其他相关法律法规，永久基本农田一般只能用来种植粮食作物。然而，也存在一些例外情况，比如部分可种植棉、油、糖、蔬菜等非粮食作物，但这通常需要在特定的农产品生产基地内，并且需要经过相关部门的批准。

对于水田种藕的情况，如果该水田被划定为永久基本农田，并且原本用于种植粮食作物，那么直接改种莲藕可能并不符合规定。因为莲藕虽然是一种水生作物，但它并不属于粮食作物的范畴。不过，也存在一些特殊情况，比如如果当地政策允许在永久基本农田上种植水生作物（如莲藕）作为粮食作物的替代或补充，并且经过了相关部门的批准，那么这种种植行为可能是合法的。

但更重要的是，我们需要关注“非粮化”的相关禁止性规定。这些规定明确指出，严禁将永久基本农田转为其他农用地及农业设施建设用地，严禁发展林果业和挖塘养鱼（除非特定情况下经过批准），严禁挖湖造景、建设绿化带等。虽然直接的规定可能并未明确提及莲藕，但挖塘养鱼（如果莲藕种植需要挖塘）等类似行为在未经批准的情况下是被禁止的。

此外，如果违反了这些禁止性规定，可能会面临一系列的处理措施，包括责令限期改正、罚款、复垦复种等。在严重的情况下，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

因此，我建议您在考虑水田种藕之前，先了解清楚该水田是否被划定为永久基本农田，以及当地的具体政策和规定。如果确实想要种植莲藕，最好先咨询当地农业农村部门或自然资源部门的意见，确保自己的种植行为符合法律法规的要求。

总的来说，水田种藕的合法性取决于多个因素，包括水田的性质、当地政策规定以及是否经过相关部门的批准等。在做出决定之前，请务必进行充分的了解和咨询。