当劳动合同中约定的工资与实际工资不符时，加班费的计算应基于实际工资水平进行，具体分析如下：

一、加班费计算基数的确定

1. 以实际工资为准：

   • 在劳动合同工资与实际工资不符的情况下，加班费的计算基数通常应以劳动者实际获得的工资为准。这包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入，但不包括加班工资本身和特殊劳动条件下支付的津贴。
   • 法律依据：根据《劳动法》及相关规定，加班费的计算应基于劳动者的实际工资水平，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。

2. 双方约定优先：

   • 如果劳动者与用人单位在劳动合同或补充协议中明确约定了加班费的计算基数，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照双方的约定执行。

二、加班费的具体计算

1. 平时加班：

   • 延长工作时间（即平时加班）的加班费，应按照不低于小时工资标准的150%支付。
   • 计算公式：\(平时加班费 = 实际工资 \div 21.75天 \div 8小时 \times 150\% \times 加班小时数\)
   • 示例：假设劳动者实际月工资为5000元，某月平时加班了10小时，则平时加班费为：\(5000 \div 21.75 \div 8 \times 150\% \times 10 \approx 431.03元\)

2. 休息日加班：

   • 休息日加班的，应首先安排补休；不能补休的，按照不低于日或小时工资标准的200%支付加班费。
   • 计算公式：\(休息日加班费 = 实际工资 \div 21.75天 \times 200\% \times 加班天数\)（或按小时计算）
   • 示例：假设劳动者实际月工资为5000元，某月休息日加班了2天且未安排补休，则休息日加班费为：\(5000 \div 21.75 \times 200\% \times 2 \approx 919.54元\)

3. 法定节假日加班：

   • 法定节假日加班的，按照不低于日或小时工资标准的300%支付加班费，且不得以补休代替。
   • 计算公式：\(法定节假日加班费 = 实际工资 \div 21.75天 \times 300\% \times 加班天数\)（或按小时计算）
   • 示例：假设劳动者实际月工资为5000元，某年国庆节加班了1天，则法定节假日加班费为：\(5000 \div 21.75 \times 300\% \times 1 \approx 689.66元\)

三、维权建议

1. 保留证据：

   • 劳动者应保留好工资支付记录、工作沟通记录、考勤记录等证据，以证明自己的实际工资水平和加班情况。

2. 与用人单位协商：

   • 在发现劳动合同工资与实际工资不符时，劳动者应首先与用人单位进行沟通，了解工资差异的具体原因，并尝试达成一致意见。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求对用人单位的工资支付情况进行调查，并责令其改正违法行为。

4. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 若劳动监察部门的处理未能达到满意结果，劳动者可以在规定时效内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或对仲裁裁决不服时向人民法院提起诉讼。

总结来说，当劳动合同工资与实际工资不符时，加班费的计算应基于实际工资水平进行。劳动者应保留好相关证据，与用人单位协商解决；协商无果时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。