在综合工时制下，当遇到法定节假日时，其处理方式主要涉及工资支付、工时计算以及休息权益等几个方面，以下为您详细阐述：

一、法定节假日的法律地位与综合工时制的特点

法定节假日是国家法律规定的全民休息日，具有特殊的法律地位，旨在保障劳动者的休息权益。而综合工时制则是一种特殊的工作时间安排制度，它允许在一定周期（如周、月、季、年）内综合计算工作时间，但要求平均工作时间不超过法定标准。这种制度为用人单位提供了更大的灵活性来安排员工的工作时间，但并不改变法定节假日的适用和工资支付规定。

二、法定节假日在综合工时制下的工资支付

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，法定节假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一原则在综合工时制下同样适用。无论劳动者的实际工作时间在该综合计算周期内是否超过法定标准工作时间，只要是在法定节假日被安排工作的，用人单位都必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一支付标准不能以补休来替代，且应确保及时足额支付。

举例说明：若员工实行综合工时制，日工资标准为200元，在国庆节（法定节假日）当天被安排上班，那么该员工国庆节当天的工资应为600元（即200元×3），其中包含了正常的日工资200元和额外的加班工资400元。

三、法定节假日在综合工时制下的工时计算

在综合工时制下，法定节假日的工作时间应计入该综合计算周期的总工作时间内。然而，在核算是否超出法定标准工作时间时，法定节假日的工作时间并不作为判断是否超时加班的依据。这意味着，即使员工在法定节假日工作了，也不会因此而被视为超时加班。

举例说明：若某企业实行以季度为周期的综合工时制，法定标准工作时间为每季度500小时。员工在该季度内法定节假日工作了8小时，其他正常工作日累计工作了495小时。虽然总工作时间达到了503小时，但由于法定节假日的8小时不计入超时加班的判断，因此该员工该季度并未超时加班。

四、法定节假日在综合工时制下的休息权益

法定节假日是全民共同休息的日子，即使在综合工时制下，员工也有权在这些日子里休息。雇主应尊重员工的休息权益，不得强行要求员工在法定节假日加班。如果因工作需要确实需要安排员工在法定节假日工作，应事先与员工协商，并尽可能通过调休或补休的方式弥补员工的休息时间。这种调休或补休的安排应确保员工的合法权益不受损害。

五、合规性审查

对于采用综合工时制的雇主来说，确保工作安排符合法律法规的要求至关重要。在制定工作计划和安排员工加班时，应仔细审查相关法律法规，确保所有操作都合法合规。这包括但不限于对工时计算的准确性进行复核、对加班工资支付的合法性进行审查以及对员工休息权益的保障措施进行落实等。

总结：综合工时制在遇到法定节假日时，应充分尊重员工的休息权益，合理安排工作时间和休息时间，并依法支付加班工资（如有必要）。同时，雇主还应加强合规性审查，确保所有工作安排都符合法律法规的要求。这样才能既保障员工的合法权益，又促进企业的健康发展。