公交公司让司机签承担事故修车费用的协议，其合法性不能一概而论，需根据具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
一、协议内容合法性
若协议内容违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位与劳动者订立的劳动合同中，不得约定由劳动者承担用人单位应承担的费用，除非劳动者存在故意或重大过失。若公交公司要求司机承担事故修车费用，且该费用本应由公交公司承担（如因车辆本身问题或公交公司管理不善导致的事故），则该协议内容可能因违反法律法规强制性规定而无效。
若协议内容合法且公平：
- 如果事故是由于司机的故意或重大过失造成的，且协议内容明确、公平，不违反法律法规强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议可能是合法的。但即便如此，公交公司也不能完全免除其自身的安全管理责任。
二、协议签订过程合法性
自愿签订：
- 协议必须是在双方自愿、平等的基础上签订的。如果公交公司利用其优势地位，强迫司机签订承担事故修车费用的协议，那么该协议可能因违反自愿原则而无效。
充分告知：
- 公交公司在与司机签订协议前，应充分告知司机协议的内容、后果及法律责任，确保司机在充分理解的基础上签订协议。如果公交公司未履行充分告知义务，导致司机在不知情的情况下签订协议，那么该协议也可能因存在欺诈或误导而无效。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果协议被认定无效，公交公司不能依据该协议要求司机承担事故修车费用。相反，如果事故是由于公交公司的过错导致的，公交公司还可能需要承担相应的赔偿责任。
建议：
- 对于司机：在签订任何协议前，务必仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如果对协议内容有疑问或不确定，应及时咨询专业律师或法律机构。
- 对于公交公司：应加强安全管理，预防事故的发生。在要求司机承担事故修车费用前，应确保协议内容合法、公平，且已充分告知司机相关后果及法律责任。同时，公交公司也应考虑购买相应的保险，以分散风险。
总结来说，公交公司让司机签承担事故修车费用的协议，其合法性取决于协议内容是否违反法律法规强制性规定、签订过程是否自愿且充分告知等因素。如果你或你身边的司机朋友遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。