结论前置：员工擅自离职给公司造成损失时，公司既可以选择申请劳动仲裁，也可以选择直接向法院提起民事诉讼来要求员工赔偿损失，具体选择哪种方式需结合实际情况和证据充分性来决定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与赔偿原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。这意味着，如果员工擅自离职（即违反劳动合同法规定解除劳动合同）并给公司造成了实际损失，公司有权要求员工进行赔偿。
二、赔偿的具体方式和标准
依据劳动合同约定：
- 如果劳动合同中有明确条款规定了员工擅自离职时应承担的赔偿责任，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照合同约定要求员工赔偿。
根据实际损失确定：
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么赔偿金额应根据公司的实际损失来确定。这包括直接经济损失（如招录费用、培训费用、生产经营损失等）和间接经济损失（如商业机会损失、声誉损害损失等）。
三、解决途径的选择
申请劳动仲裁：
- 适用情形：当公司与员工就赔偿问题无法协商一致时，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 注意事项：
- 劳动仲裁的时效为一年，从公司知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
- 公司需要提交仲裁申请书、证据材料等，申请书需写明基本信息、仲裁请求、事实和理由。
- 仲裁裁决作出后，如果员工不服裁决，可以在规定期限内向法院提起诉讼。
提起民事诉讼：
- 适用情形：如果仲裁无法解决问题，或者公司对仲裁结果不满意，公司可以直接向人民法院提起民事诉讼。
- 诉讼流程：公司需要按照民事诉讼程序进行举证、质证等活动，法院将依法作出判决。如果员工不履行判决，公司可以申请强制执行。
四、证据收集与赔偿执行
- 证据收集：公司需要收集充分的证据来证明员工的擅自离职行为以及由此造成的损失。这包括书面材料（如财务凭证、合同协议、员工工作记录等）、电子数据（如电子邮件、即时通讯记录、业务系统数据等）以及证人证言（如同事、客户或合作伙伴的证言）。
- 赔偿执行：赔偿可以从员工工资中扣除（但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准），或者要求员工一次性支付。在解除劳动合同时，如果员工严重违规且需对损失进行赔偿，公司可以要求一次性全额支付薪酬（但需确保这一要求符合法律法规的规定）。
五、建议与预防措施
- 友好协商：在采取法律行动之前，公司可以尝试与员工进行友好协商，看是否能够就赔偿问题达成一致意见。这有助于降低解决纠纷的成本和时间。
- 完善劳动合同：公司应完善劳动合同条款，明确双方的权利和义务，特别是关于离职赔偿的条款。这有助于在发生纠纷时提供明确的法律依据。
- 加强员工管理：公司应加强员工管理，提高员工满意度和忠诚度，减少擅自离职的可能性。例如，通过建立合理的薪酬福利制度、提供良好的工作环境和发展机会等方式来激励员工长期稳定工作。
总结：员工擅自离职给公司造成损失时，公司有权要求员工进行赔偿。在解决途径上，公司可以选择申请劳动仲裁或提起民事诉讼。无论选择哪种方式，公司都需要收集充分的证据来证明员工的擅自离职行为以及由此造成的损失。同时，公司也应加强内部管理，预防类似事件的发生。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。