撤店时，员工的工资一般应在劳动关系解除或终止时一次性结清。具体分析如下：

1. 法律规定层面：

   • 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，撤店作为劳动关系终止的一种情形，工资应当在此刻结清。
   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同中有特别约定，如工资支付周期、支付方式等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照约定执行。但撤店导致的劳动关系终止，通常应视为约定支付条件的成就，工资应一次性结清。

2. 实际操作层面：

   • 在撤店过程中，用人单位应提前与员工沟通，明确工资结算的时间、方式和金额，确保员工的合法权益得到保障。
   • 如果因撤店导致工资支付出现困难，用人单位应及时与员工协商，寻求解决方案，如分期支付、延期支付等，并签订书面协议明确双方的权利和义务。但需注意，这种协商解决方案不得违反法律法规的强制性规定，且应得到员工的同意。

3. 特殊情况处理：

   • 如果撤店是由于用人单位的违法行为导致的，如未依法缴纳社会保险费、未提供劳动保护等，员工在要求结清工资的同时，还可以要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。
   • 如果员工对工资结算有异议，如认为用人单位克扣或无故拖欠工资，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。