针对您提出的“员工终止合同停发工资但又缴纳了两个月社保是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、合同终止与社保缴纳的关系
首先，需要明确的是，劳动合同的终止并不直接等同于劳动关系的完全终结，尤其是在涉及社保缴纳的问题上。根据《中华人民共和国劳动合同法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为职工缴纳社会保险费，这一义务并不因劳动合同的期满或终止而自动解除，除非双方劳动关系确实已经完全终结且符合相关法律规定。
二、停发工资与社保缴纳的合法性分析
停发工资：
- 如果劳动合同已经正式终止，且双方没有续签或形成新的事实劳动关系，那么用人单位停发工资是合法的，因为此时双方已经不存在劳动关系，用人单位没有义务继续支付工资。
继续缴纳社保：
- 然而，如果用人单位在停发工资的同时继续为员工缴纳社保，这可能表明双方劳动关系在事实上并未完全终结。根据法律规定，只要存在事实上的劳动关系，用人单位就有义务继续为员工缴纳社保。
- 另一种可能是，用人单位在合同终止后的一段时间内（如两个月）仍在处理社保缴纳的后续事宜，如办理社保转移、减员等手续，这期间可能会继续缴纳社保。但这种情况通常应有明确的内部规定或双方约定，并且应及时向员工说明情况。
三、可能存在的情形与建议
合同续签协商期：
- 如果劳动合同到期时双方正在就续签事宜进行协商，用人单位可能会选择继续为员工缴纳社保以保障员工权益。此时，建议双方尽快明确续签意向并签订新的劳动合同，以避免不必要的纠纷。
事实劳动关系存在：
- 如果双方已形成无固定期限劳动合同关系或存在事实劳动关系（如员工继续工作且用人单位未提出异议），则用人单位有义务继续为员工缴纳社保。此时，用人单位不应停发工资，否则可能构成违法。
特殊处理情况：
- 对于某些特殊行业或岗位，可能存在劳动合同期限较短但社保缴纳持续的情况。这通常取决于双方的约定以及相关法律法规的规定。但无论如何，用人单位都应确保社保缴纳的合法性和合规性。
四、结论与建议
- 结论：员工终止合同后停发工资但又缴纳了两个月社保是否合法，取决于双方是否存在事实上的劳动关系以及用人单位的具体操作是否符合相关法律法规的规定。
- 建议：
- 对于员工而言，如果发现用人单位在合同终止后停发工资但仍继续缴纳社保，应及时与用人单位沟通了解情况，并保留好相关证据材料。
- 对于用人单位而言，应确保在合同终止后及时处理社保缴纳和工资支付等事宜，避免产生不必要的法律纠纷。如果确实需要继续缴纳社保（如因办理手续需要），应及时向员工说明情况并征得员工同意。