结论：员工与公司签订协议中止劳动合同并暂停缴纳社保是否合法，需分情况讨论，主要取决于协议内容是否符合法律规定及双方真实意愿。以下是具体分析：

1. 协议中止劳动合同的合法性
   根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同的“中止”并非法律明文规定的独立状态，但实践中可通过双方协商一致达成类似效果（如停薪留职、待岗等）。若协议明确约定中止期间双方权利义务（如工资支付、社保缴纳等），且不违反法律强制性规定（如最低工资、社保连续性等），则协议本身具有合法性。但需注意：

   • 若中止协议导致员工社保断缴，可能影响其医疗、养老等权益，需谨慎约定；
     
   • 若协议未明确恢复劳动合同的条件或期限，可能被认定为“事实解除合同”，存在法律风险。

2. 暂停缴纳社保的合法性
   社保缴纳是用人单位的法定义务，原则上不得通过协议免除。但以下情形可能例外：

   • 双方协商一致且符合地方政策：部分地区允许特定情况下（如员工申请停缴、企业困难期等）暂停社保，但需满足严格条件（如书面申请、社保部门备案等）；
     
   • 非全日制员工或特殊用工关系：若双方实际为非全日制用工或劳务关系，可能不适用社保强制缴纳规定，但需以实际用工形式为准；
     
   • 员工主动放弃缴纳：即使员工签署放弃社保的声明，该声明因违反法律强制性规定而无效，企业仍需承担补缴及罚款风险。

3. 实务建议

   • 对员工：签订协议前需明确中止期间的权益（如社保是否由个人承担、企业是否补贴等），避免权益受损；若企业要求暂停社保，可要求其出具书面说明并保留证据。
     
   • 对企业：中止劳动合同需谨慎，建议通过正式协议明确权利义务，避免被认定为“变相解除合同”；社保缴纳义务不可免除，可通过协商由员工承担个人部分，但企业仍需承担单位部分并代缴。

总结：协议中止劳动合同的合法性取决于约定内容，但暂停缴纳社保的风险较高，除非符合地方特殊政策或双方存在合法例外情形。建议双方在签订协议前咨询专业律师，确保条款合法合规。如有进一步疑问，可直接向我提问。