工厂长期加班，员工确实有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：

一、法律背景与加班时间规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；特殊原因下需延长工作时间，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，且每月累计不得超过三十六小时。若工厂违反此规定，即构成对劳动者合法权益的侵害，劳动者有权通过劳动仲裁途径寻求救济。

二、劳动仲裁的准备材料与事项

材料准备

1. 证明劳动关系的材料：包括但不限于劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，这些材料用于证明劳动者与工厂的劳动关系及入职时间、岗位等信息。
2. 加班证据：这是仲裁中的关键部分，应包括加班审批表、加班打卡记录、与加班相关的工作邮件、聊天记录等，以详细证明加班的时间、天数及具体情况。
3. 仲裁申请书：应明确写明加班的详细情况、未支付加班费的具体状况以及具体的仲裁请求，如要求支付加班费、改正违法加班制度等。
4. 身份证复印件：用于确认劳动者的身份。
5. 用人单位的工商登记信息或营业执照复印件：用于确定被申请人的身份。

注意事项

1. 明确仲裁请求：劳动者在提起仲裁时，应清晰明确地提出自己的仲裁请求，包括要求支付的加班费（平时加班150%、休息日加班200%、法定休假日加班300%）以及改正违法加班制度等。
2. 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时提起仲裁申请，避免超过时效。
3. 配合仲裁委：在仲裁过程中，劳动者应积极配合仲裁委的工作，及时提交充足可靠的资料和证据，并保持与仲裁委的良好沟通，以提高仲裁效率。

三、劳动仲裁的流程与可能结果

1. 申请与受理：劳动者将仲裁申请书及证据材料提交给有管辖权的劳动争议仲裁委员会。仲裁委员会在收到申请后5个工作日内作出是否受理的决定。
2. 开庭审理：受理后，工厂会提交答辩书及相关证据，双方进行证据交换。仲裁庭会组织开庭审理，双方进行陈述、举证、质证和辩论。
3. 调解与裁决：仲裁过程中，仲裁庭会尝试进行调解。若达成调解协议，则制作具有法律效力的调解书。若调解不成，仲裁庭会在受理仲裁申请之日起45日内作出裁决，案情复杂需要延期的，延长期限不得超过15日。
4. 执行裁决：若工厂对仲裁裁决无异议并主动履行，案件顺利解决。若工厂不履行裁决，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行，法院将采取一系列措施确保劳动者的合法权益得到实现。

四、进一步法律途径

若劳动者对仲裁裁决结果不满意，还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。

总结与建议：面对工厂长期加班的情况，劳动者应首先尝试与工厂沟通，表达自己的不满和诉求。若沟通无果，应积极收集证据，准备劳动仲裁申请。在整个过程中，保持冷静、理性，并遵循法律程序是至关重要的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。