关于公司工程挂靠中税收和管理费约定法院是否会支持的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况进行细致分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：

1. 税收约定的法院支持情况：

   • 合法性原则：首先，税收的约定必须符合国家税收法律法规的规定。如果挂靠协议中的税收约定违反了税收法律、行政法规的强制性规定，比如试图通过约定来逃避国家税收，那么这样的约定是无效的，法院不会支持。
   • 实际履行情况：即使税收约定在形式上合法，但如果在实际履行过程中存在偷税、漏税等违法行为，一旦被税务机关查处，相关约定也可能因违法而无效，法院同样不会支持。
   • 法院审查重点：法院在审查此类约定时，会重点关注约定的合法性、合理性以及是否损害了国家税收利益。如果约定合法且未损害国家利益，法院可能会根据具体情况予以支持。

2. 管理费约定的法院支持情况：

   • 挂靠关系的合法性：工程挂靠行为本身在多数情况下是违法的，因为它违反了建筑市场的准入制度和公平竞争原则。如果挂靠协议被认定为无效，那么其中的管理费约定也可能随之无效，法院不会支持。
   • 管理费的性质：管理费通常被视为挂靠方为获取挂靠资格而支付给被挂靠方的费用。如果这种费用被认定为非法所得或违反了相关法律法规的规定，法院同样不会支持其约定。
   • 实际损失与补偿：在某些特殊情况下，如果管理费约定与实际损失相关，且该损失是由于被挂靠方的过错造成的，法院可能会根据公平原则和实际损失情况，对管理费约定进行适当调整或支持部分补偿。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。

3. 综合考量因素：

   • 合同效力：法院在审查挂靠协议时，会首先判断合同的效力。如果合同因违法而无效，那么其中的税收和管理费约定也将无效。
   • 公平原则：即使合同部分有效，法院也会根据公平原则对约定进行审查。如果约定显失公平或损害了第三方利益，法院可能会进行调整或不予支持。
   • 实际履行情况：法院还会考虑合同的实际履行情况。如果双方在实际履行过程中已经对税收和管理费进行了调整或变更，且这种调整或变更是双方真实意思的表示，法院可能会根据实际情况予以认可。

建议：

• 在签订工程挂靠协议时，务必确保协议内容合法合规，避免违反国家法律法规的强制性规定。
• 对于税收和管理费的约定，要充分考虑其合法性和合理性，避免损害国家税收利益和第三方利益。
• 如果遇到纠纷或争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。

最后，如果你在公司工程挂靠方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。