如果公司赔偿员工工资少付了，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商：
- 首先，员工可以尝试与公司进行友好协商，明确指出工资少付的情况，并要求公司补足差额。在协商过程中，员工可以保留好相关证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时提供证明。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司改正。在投诉时，员工需要提供详细的证据材料，如工资单、劳动合同、工作记录等，以证明公司确实存在少付工资的行为。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理未能满足员工的诉求，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并要求公司支付少付的工资及可能的赔偿金。在申请劳动仲裁时，员工需要提交仲裁申请书、相关证据材料等，并按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序。
提起诉讼：
- 如果劳动仲裁结果仍未能满足员工的诉求，员工还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明公司少付工资的事实，并请求法院判决公司支付少付的工资及赔偿金。法院将依法对案件进行审理，并作出公正的判决。
在处理此类问题时，员工需要注意以下几点：
- 保留证据：员工应妥善保管与工资相关的所有证据材料，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据将在后续的协商、投诉、仲裁或诉讼过程中发挥重要作用。
- 及时行动：一旦发现公司少付工资，员工应尽快采取行动，以免超过法定的申诉时效。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 了解法律：员工应了解相关的法律法规和政策，以便在处理问题时能够依法维权。例如，员工可以了解《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规中关于工资支付的规定。
如果员工在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据员工的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。