针对您提出的“公司停工留薪期间工资只发了底薪怎么维权”的问题，这是一个涉及员工合法权益的重要事项，我将为您提供详细且具有深度的解答。
首先，要明确的是，根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，公司在停工留薪期间应当支付给您与正常工作期间相同的工资福利待遇，而不仅仅是底薪。
针对您的情况，我建议您采取以下步骤来维权：
一、与公司沟通协商
内部沟通：
- 您可以首先尝试与公司的直属上级或人力资源部门进行友好沟通，了解公司为何只支付了底薪，并明确表达您的诉求，即要求公司按照法律法规支付您停工留薪期间的完整工资。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，同时保留好沟通过程中的记录，如邮件、短信、聊天记录等，以备后续使用。
书面函件：
- 如果口头沟通无果，您可以向公司发送书面的沟通函件，如《关于停工留薪期工资支付的询问函》。
- 在函件中，明确指出公司只支付底薪的行为违反了劳动合同约定和相关法律法规，并要求公司在一定期限内给予答复并解决问题。
- 确保留存好发送凭证，如邮寄回执或电子邮件发送记录。
二、向劳动监察部门投诉
准备材料：
- 携带本人身份证、劳动合同、工资条（显示只支付了底薪的部分）、考勤记录、医院的诊断证明、病假条或工伤认定决定书（如果是因工伤导致停工留薪）等能够证明与公司存在劳动关系以及工资发放情况的材料。
- 包括之前与公司关于工资支付的沟通记录，如聊天记录、邮件等。
投诉流程：
- 前往公司所在地的劳动监察部门办公地点进行投诉，填写投诉表格。
- 详细说明公司只支付底薪的具体情况，包括停工留薪的起始时间、应发工资数额与实际发放数额的差异等信息。
- 劳动监察部门会依法调查处理，责令公司限期支付差额工资，并可能按照应支付工资的50%~100%的标准加付赔偿金。
三、申请劳动仲裁
仲裁申请：
- 若投诉未能有效解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提交仲裁申请书，写明申请人和被申请人（公司）的基本信息、仲裁请求（如支付拖欠的工资差额、支付经济补偿金等）、事实和理由。
- 同时附上相关证据材料，如劳动合同、工资条、沟通记录、医院的诊断证明等，并按照被申请人人数提交副本。
仲裁流程：
- 仲裁委员会受理后，会安排开庭审理。
- 双方在庭审中可以进行举证、质证和辩论。
- 仲裁庭会根据双方提供的证据和庭审情况作出裁决，要求公司支付拖欠的工资差额及可能产生的赔偿金等。
- 一般来说，仲裁裁决应在受理仲裁申请之日起四十五日内作出；案情复杂需要延期的，延长期限不得超过十五日。
四、向法院提起诉讼
诉讼前提：
- 如果对仲裁裁决不服，或者仲裁委员会逾期未作出裁决，您可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 若用人单位在规定时间内既不履行仲裁裁决，也不提起诉讼，您可以向法院申请强制执行仲裁裁决。
诉讼流程：
- 准备好起诉状、证据等材料，向有管辖权的人民法院立案。
- 法院受理后会安排开庭审理，最终根据审理结果作出判决。
- 您要积极配合法院的工作，按照要求提供证据和参加庭审。
五、其他重要建议
保存证据：在维权过程中，务必保存好所有与工资拖欠相关的证据，这些证据将对维护自身权益起到关键作用。包括但不限于工资条、社保缴纳记录、劳动合同、加班记录、沟通录音和医院的诊断证明等。
了解法律：熟悉《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》和《工伤保险条例》等相关法律法规，以便更好地了解自己的权益和维权途径。
及时行动：一旦发现公司只支付了底薪，应及时采取行动，避免错过维权时效。每一步骤都要在法律规定的时限内进行，以确保自己的权益得到有效保护。
综上所述，当公司停工留薪期间只支付了底薪时，您可以通过与公司沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁和提起诉讼等多种途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，保持冷静和理性至关重要，同时要注意保留好相关证据并及时采取行动。希望这些建议能对您有所帮助。