结论：不定时工时制未报备可能引发工资纠纷，其核心在于工时制度合法性及工资计算方式的合规性。以下从法律后果、工资计算、纠纷解决三个角度详细分析。

一、法律后果：未报备不定时工时制可能被认定为无效

根据《劳动法》及相关规定，企业实行不定时工作制需经劳动行政部门审批。若未报备，该工时制度可能被认定为无效，企业需按标准工时制（每日8小时、每周40小时）支付工资及加班费。
典型风险：

• 员工主张按标准工时制计算加班费（如周末、节假日工作）；
  
• 劳动监察部门可对企业处以警告、罚款，并责令限期改正。
  

法律依据：
《劳动法》第39条：“企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。”
《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）第4条：“企业实行不定时工作制，需向劳动保障行政部门提出申请，经批准后实施。”

二、工资计算：未报备下的工资与加班费规则

若不定时工时制未报备，工资计算需按标准工时制执行：

1. 正常工作时间工资：按劳动合同约定支付；
   
2. 加班费：
   
   • 工作日加班：不低于工资的150%；
     
   • 休息日加班：优先安排补休，无法补休的支付200%工资；
     
   • 法定节假日加班：支付300%工资。
     

计算公式（以月工资为例）：

• 日工资 = 月工资 ÷ 21.75（月计薪天数）
  
• 休息日加班费 = 日工资 × 200% × 加班天数
  
• 法定节假日加班费 = 日工资 × 300% × 加班天数
  

示例：
员工月工资6000元，国庆节加班3天，应得加班费：
6000 ÷ 21.75 × 300% × 3 ≈ 2482.76元

三、纠纷解决：员工与企业如何维权？

（一）员工维权路径

1. 协商：与企业沟通，要求补发加班费或调整工时制度；
   
2. 投诉：向当地劳动监察大队举报（电话：12333）；
   
3. 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁，对结果不服可向法院起诉。
   

关键证据：

• 劳动合同（证明工时制度约定）；
  
• 考勤记录（证明加班事实）；
  
• 工资条（证明未支付加班费）。
  

（二）企业合规建议

1. 立即报备：向劳动行政部门申请不定时工时制审批；
   
2. 完善制度：在劳动合同中明确工时制度及加班规则；
   
3. 留存证据：保存审批文件、员工签字确认的工时协议等。
   

风险提示：
若企业未报备且无法证明员工同意不定时工时制，可能面临“支付全部加班费+行政处罚”的双重风险。

四、特殊情形：不定时工时制的例外

部分岗位（如高管、外勤人员）可能因工作性质无需报备，但需满足以下条件：

1. 岗位符合《劳动法》第39条的“特殊生产特点”；
   
2. 企业能证明员工工作时间灵活、难以量化（如销售、司机）；
   
3. 工资已包含加班补偿（需员工签字确认）。
   

结论补充：
不定时工时制未报备的纠纷，本质是“工时制度合法性”与“工资计算合规性”的冲突。企业应优先完善审批手续，员工可依据标准工时制主张权益。若涉及复杂案情（如岗位性质争议），建议提供具体信息进一步分析。

如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供法律意见。