审计确实有可能查出员工是否拿客户回扣，这主要依赖于审计的深入程度、审计方法的恰当性以及审计过程中获取的证据。以下是一些审计可能发现员工拿客户回扣的途径和方式：
一、内部审计的深入审查
采购流程审查：内部审计部门会对采购流程进行全面审查，包括采购合同、采购价格、供应商资质、采购数量等。审计人员会对比市场同类产品的价格，分析采购价格是否异常偏高。如果采购价格突然大幅上涨且采购人员无法提供合理的涨价理由，这将引起审计人员的怀疑。
财务账目核对：审计人员会仔细核对财务账目，特别是与采购相关的账目，如应付账款、预付账款等。他们可能会发现某些供应商的付款记录异常，或者与采购合同不符，从而引发对回扣的怀疑。
业务流程异常分析：正常的采购业务流程是有一定规律和规范的。如果采购环节出现了一些异常情况，如采购周期突然延长、采购计划频繁变更、采购数量与实际需求不符等，都可能暗示着存在回扣问题。
二、外部线索的获取
供应商举报：当供应商发现自己的利益被采购人员的不当行为所损害时，他们可能会向企业举报。例如，供应商可能因不满采购员长期索要回扣且压低利润，而故意透露相关信息或“说漏嘴”，从而引发企业彻查。
员工举报：企业的其他员工也有可能发现采购人员吃回扣的线索。在日常工作中，员工之间可能会有一些交流和观察。如果发现采购人员的生活水平突然显著提高，频繁购买豪车、奢侈品等，而其正常收入又无法支撑这样的消费，员工可能会向企业领导或者纪检部门举报。
三、外部审计或监管机构的检查
对于一些大型企业或者涉及公共利益的采购项目，外部审计机构或者政府监管部门可能会进行定期或不定期的检查。这些外部机构拥有专业的审计团队和丰富的经验，他们能够从更宏观的角度审视企业的采购行为，并可能发现员工拿回扣的线索。
四、大数据分析的应用
随着信息技术的不断发展，大数据在企业管理和监督中的应用越来越广泛。企业可以通过建立采购数据管理系统，收集和分析采购过程中的各种数据，如采购价格、采购频率、供应商信息等。通过大数据分析，可以发现一些隐藏的规律和异常情况，从而揭示员工拿回扣的可能性。
实际案例
在实际操作中，已经有许多通过审计发现员工拿回扣的案例。例如，某广告公司采购员长期虚抬供应商报价，将分类垃圾桶、宣传亭等产品的采购价格虚高10%-20%，并通过供应商返点获利30余万元。公司财务总监在核对账目时发现异常，最终经内部审计重新询价后确认采购价格异常偏高，该采购员因职务侵占罪被警方抓获。
总结与建议：
审计是发现员工拿客户回扣的重要手段之一。为了更有效地发现和预防这类行为，企业应加强内部审计的力度和深度，建立完善的采购流程和财务监管制度，同时鼓励员工和供应商积极举报可疑行为。此外，企业还可以利用大数据等现代技术手段来提高审计的效率和准确性。如果您或您的企业遇到了类似问题，建议及时寻求专业审计机构的帮助，以确保问题的得到妥善解决。