公司怀疑员工拿回扣时，确实需要谨慎处理，因为这涉及到员工的隐私权以及公司的合法调查权。首先，要明确的是，公司无权直接查询员工个人账户。这一行为必须严格遵守法律法规，尊重并保护员工的隐私权。
从法律层面来看，自然人的隐私权是受到严格保护的，包括银行账户信息在内的私密信息，任何组织或个人都不得非法侵害。公司作为民事主体，与员工之间建立的是平等的合同关系，并不具备法定的查询员工私人银行账户的权力。商业银行也有义务为存款人保密，拒绝非法的查询请求。
然而，如果公司确有合理怀疑员工存在违法行为或严重违反公司规章制度，且该怀疑与员工的银行账户交易直接相关，那么公司可以在确保合法、合规的前提下，通过法定程序进行调查。这通常涉及向司法机关报案，由司法机关依法启动侦查程序，并对员工账户进行查询。
在具体操作上，公司可以采取以下步骤：
与员工沟通解释：首先，公司应与员工进行坦诚沟通，要求其对相关业务情况进行合理解释。这有助于消除误解，也可能直接揭示问题的真相。
收集初步证据：如果公司掌握了初步证据，表明员工可能存在违法违规行为，那么应进一步收集证据，并向公安机关等司法机关报案。
等待司法介入：只有在司法机关依法获得相关法律文书（如搜查令、查询冻结通知书等）后，才能对员工账户进行合法的查询和调查。公司不能自行进行这一行为。
如果公司未经法定程序私自查询员工账户，将构成对员工隐私权的侵犯。员工有权依据法律要求公司停止侵权、赔礼道歉，并赔偿因此造成的损失。
此外，公司还应加强内部合规管理，建立健全的内部控制制度和合规管理机制，明确员工行为的规范和界限。通过合法的手段预防和管理潜在的风险和问题，维护公司与员工之间的和谐关系。
综上所述，公司在处理员工涉嫌拿回扣的问题时，必须严格遵守法律法规，尊重并保护员工的合法权益。任何对员工账户的查询行为都必须在法律允许的框架内进行，并确保程序的合法性和正当性。