公司若要调查员工吃回扣的行为，需遵循合法、合规且尊重员工权益的原则，以下从调查准备、调查手段、后续处理三个阶段进行详细说明：
一、调查准备阶段
- 明确调查目的与范围：公司应首先明确调查的具体目的，是为了确认是否存在吃回扣行为、确定涉事员工及具体金额，还是为了完善内部控制机制。同时，界定调查的时间范围、涉及的业务领域及员工范围。
- 组建调查团队：调查团队应由公司内部合规部门、法务部门或人力资源部门的专业人员组成，必要时可聘请外部律师或会计师事务所协助。团队成员应具备相应的专业知识和调查经验，且应保持独立性和客观性。
- 制定调查计划：调查计划应包括调查步骤、时间表、所需资源及预期成果等。计划应详细且具有可操作性，以确保调查工作的顺利进行。
二、调查手段阶段
收集书面证据：
- 审查合同与交易记录：仔细审查与供应商或客户的合同、订单、发票等交易记录，寻找异常交易或价格不合理的线索。
- 分析财务数据：通过对比历史财务数据、行业平均水平或预算数据，分析是否存在异常支出或收入。
- 检查员工个人账户：在合法且必要的情况下，可要求员工提供个人银行账户流水，以查找与供应商或客户的异常资金往来。但需注意，此举需严格遵守相关法律法规，避免侵犯员工隐私。
进行访谈与询问：
- 与涉事员工面谈：在尊重员工权益的前提下，与涉事员工进行面谈，了解其交易过程、资金往来及是否存在吃回扣的行为。面谈时应保持客观、公正的态度，避免引导性提问。
- 与供应商或客户沟通：与涉事交易的供应商或客户进行沟通，了解交易细节、价格谈判过程及是否存在不正当利益输送。
利用技术手段：
- 监控与审计软件：利用公司内部的监控系统或审计软件，对交易过程进行实时监控或事后审计，以发现异常交易或行为。
- 数据分析工具：运用数据分析工具对交易数据进行深入挖掘和分析，以发现潜在的吃回扣行为模式或趋势。
三、后续处理阶段
确认事实与证据：在调查结束后，调查团队应整理并分析收集到的证据，确认是否存在吃回扣的行为及涉事员工。证据应确凿、充分，能够形成完整的证据链。
依法处理涉事员工：
- 内部纪律处分：根据公司的规章制度，对涉事员工进行相应的内部纪律处分，如警告、罚款、降职或解雇等。
- 法律追责：如吃回扣行为涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案，并配合司法机关进行调查和审判。
完善内部控制机制：针对调查中发现的问题和漏洞，公司应及时完善内部控制机制，加强员工培训和教育，提高员工的合规意识和道德水平。同时，建立有效的监督机制，防止类似行为再次发生。