公司发现核心管理员工吃回扣，应当立即采取以下措施，以维护公司利益并降低法律风险：

1. 内部调查与证据固定

   • 初步核实：通过财务审计、合同审查、供应商访谈等方式，确认是否存在吃回扣行为，并初步掌握相关证据（如转账记录、聊天记录、邮件往来等）。
     
   • 证据固定：对关键证据进行公证或通过法律程序保全（如封存账目、录音录像等），确保证据的合法性和有效性。
     
   • 注意合规性：调查过程中需遵守《劳动法》《个人信息保护法》等规定，避免侵犯员工隐私或采取非法手段获取证据。

2. 法律评估与风险分析

   • 刑事风险：若回扣金额较大（通常6万元以上），可能构成《刑法》中的“非国家工作人员受贿罪”，公司可向公安机关报案，追究员工刑事责任。
     
   • 民事赔偿：员工行为若损害公司利益，公司可依据《民法典》要求其赔偿损失（如返还回扣、赔偿间接损失等）。
     
   • 劳动法处理：根据《劳动合同法》，公司可因员工严重违反规章制度（如廉洁条款）解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

3. 内部处理与制度完善

   • 依规处罚：若证据充分，公司可依据内部规章制度（如《员工手册》《廉洁协议》）对员工进行处分（如警告、降职、解雇等）。
     
   • 追缴违法所得：要求员工退还已收取的回扣，并保留通过法律途径追偿的权利。
     
   • 完善内控：修订采购、财务等关键流程，增加审批层级和监督机制（如实行“双人经办”、定期轮岗等），防止类似事件再次发生。

4. 外部沟通与危机管理

   • 供应商管理：对涉事供应商进行评估，必要时终止合作或追究其连带责任（如行贿罪）。
     
   • 舆情控制：若事件可能引发公众关注，需制定公关策略，避免对公司声誉造成过度损害。
     
   • 合规培训：对全体员工开展廉洁教育，明确法律后果和公司立场，形成威慑效应。

后续建议：

• 若涉及金额较大或情节复杂，建议委托律师介入，协助调查、取证及法律程序。
  
• 定期审查公司合规体系，确保反贿赂政策与《反不正当竞争法》《刑法修正案（十二）》等最新法规衔接。
  

如有进一步细节需要分析（如回扣方式、金额、员工职位等），可随时向我补充说明，我会提供针对性建议。