车间主任吃员工回扣属于违法行为，员工可采取以下措施应对，具体分情况说明：

1. 明确法律性质与后果
   车间主任利用职务便利收取员工回扣，可能涉嫌非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条）。若回扣金额达到6万元以上，即达到刑事立案标准，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；金额巨大的（如100万元以上），可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。即使金额未达刑事标准，也可能因违反《公司法》或单位规章制度被解雇，并需退还违法所得。

2. 员工应对策略

   • 收集证据：保留转账记录、聊天记录、录音录像等直接证据，证明车间主任索要或收受回扣的事实。若回扣通过第三方支付，需同步收集第三方参与的证据。
     
   • 内部举报：向公司审计部门、纪委或高层举报，提交证据并要求启动内部调查。若公司有合规制度，可依据制度要求处理；若公司包庇，可进一步采取外部措施。
     
   • 外部投诉：向市场监管部门、行业协会或公安机关经侦部门举报，尤其当回扣涉及产品质量、安全生产等公共利益时，相关部门会介入调查。
     
   • 民事索赔：若员工因车间主任行为遭受损失（如被克扣工资、被迫支付回扣），可依据《民法典》第122条要求返还财产或赔偿损失。

3. 注意事项

   • 保护自身安全：举报时注意匿名或通过可靠渠道提交证据，避免车间主任报复。若已遭受威胁，可向公安机关申请人身保护。
     
   • 避免共同违法：员工不得以“行贿”方式应对，否则可能涉嫌对非国家工作人员行贿罪（《刑法》第164条），面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
     
   • 法律程序参与：若案件进入刑事程序，员工可作为证人配合调查，必要时可申请刑事附带民事诉讼，要求赔偿损失。

建议：若您或同事遭遇此类情况，可先整理证据并评估风险，再决定是否举报或索赔。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询，我会结合证据类型和金额为您制定详细方案。