员工离职后两个月才发放工资，一般情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”这些规定明确了用人单位在解除或终止劳动合同时，应当一次性付清劳动者的工资，不得无故拖欠。
二、合法与不合法的具体情况分析
合法情况：
- 双方协商一致：在离职时，如果用人单位与劳动者经过平等协商，达成了一致意见，明确约定了工资在两个月后发放，并且该约定不损害公共利益和他人合法权益，那么这种情况下两个月后发放工资可能是合法的。但这种情况在实践中较为少见，因为大多数劳动者不太可能同意如此长时间的工资延迟发放。
- 特殊行业或企业经营困难：某些特殊行业因其生产经营特点，可能存在较长的工资结算周期。例如，大型工程项目需要在项目完成后进行整体结算和审计。在这种情况下，如果企业能够向劳动者说明情况，并得到劳动者的理解和同意，同时在合理的时间内发放工资（但“合理的时间”通常不会长达两个月之久），可能被视为合法。另外，如果企业因经营困难无法在离职时立即支付工资，但提供了合理的解决方案和时间表，并与劳动者进行了充分沟通，且最终能够按照约定支付，也可能不被认定为违法。然而，企业需要承担举证责任，证明其存在经营困难以及与劳动者进行了充分沟通和协商。
不合法情况：
- 无法律依据或合理理由：若劳动合同未约定工资发放时间，且不存在双方协商一致或特殊行业、企业经营困难等合法理由，用人单位在离职后两个月才发放工资，则构成无故拖欠工资，违反了法律规定。
- 用人单位无故拖延：即使劳动合同中有约定，但如果用人单位以各种理由拖延支付离职后的工资，如资金周转困难等，但未明确约定发放时间，也不符合法律规定，同样构成无故拖延。
三、劳动者权益保障措施
面对离职后工资被拖延支付的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求立即支付工资。
- 向劳动行政部门举报：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。
- 申请调解或仲裁：向劳动争议调解组织申请调解，或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以寻求法律救济。
- 提起诉讼：在必要时，还可以向人民法院提起诉讼，请求支付令或追究用人单位的法律责任。
综上所述，员工离职后两个月才发放工资，一般情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到问题时采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。