结论前置：针对您与员工签订的合同丢失，而对方持有合同却不承认的情况，您可以通过收集其他证据来证明劳动关系及合同内容，必要时可申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自身权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、收集其他证据证明劳动关系及合同内容
工资支付记录：
- 您可以提供银行转账记录、工资条等，证明您曾向员工支付过工资，这是劳动关系存在的重要证据。
工作记录：
- 包括员工的工作邮件、工作报告、考勤记录等，这些都能证明员工确实在您处工作，且按照您的要求完成了工作任务。
同事证言：
- 如果可能的话，您可以请其他员工出具证言，证明该员工与您之间存在劳动关系，以及合同的大致内容。
其他书面材料：
- 如员工入职时填写的入职表、您与员工之间的沟通记录（如微信聊天记录、短信记录等），这些也可能包含与合同相关的信息。
二、申请劳动仲裁或提起诉讼
劳动仲裁：
- 如果您与员工之间因合同问题产生争议，且无法通过协商解决，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提交上述收集到的证据，以证明您的主张。
- 劳动仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定，作出裁决。
提起诉讼：
- 如果您对劳动仲裁委员会的裁决不服，或者员工拒绝接受劳动仲裁，您可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼时，您同样需要提交相关证据，以支持您的诉讼请求。
- 人民法院将根据事实和法律规定，作出判决。
三、法律建议及可能后果
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静，积极收集证据，以证明您的主张。
- 同时，您也可以考虑与员工进行协商，寻求和解的可能性，以节省时间和成本。
- 如果协商无果，建议您及时寻求法律帮助，以确保您的权益得到妥善维护。
可能后果：
- 如果您能够提供充分的证据证明劳动关系及合同内容，那么您有可能在劳动仲裁或诉讼中获胜，从而维护您的权益。
- 如果您无法提供足够的证据，或者证据不足以支持您的主张，那么您可能会面临败诉的风险，需要承担相应的法律后果。
最后，我想强调的是，在处理此类合同纠纷时，证据的收集和保存至关重要。因此，建议您在未来的经营活动中，加强合同管理，确保合同的签订、履行和保存都符合法律规定，以避免类似的纠纷再次发生。如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。