单位发放工资，个人灵活缴纳社保在特定情形下合法，但需满足一定条件，以下分情况说明：
- 单位与个人协商一致且符合规定
若单位与员工协商一致，单位仅发放工资，而员工选择以灵活就业人员身份自行缴纳社保，这种做法本身不违反法律强制性规定。但需注意：
- 单位义务：单位仍需履行《社会保险法》规定的义务，即若员工要求单位缴纳社保，单位不得拒绝。若员工主动放弃单位缴纳并自行缴纳，建议双方签订书面协议，明确员工自愿放弃单位缴纳社保、自行承担后果，以避免未来纠纷。
- 灵活就业缴纳限制：员工需符合灵活就业人员参保条件（如无固定用人单位、未在单位参保等），且自行缴纳的社保项目（通常仅养老、医疗）可能少于单位缴纳的五险（养老、医疗、失业、工伤、生育），可能影响员工权益。
单位强制要求个人缴纳社保不合法
若单位以“灵活缴纳”为由，拒绝为员工缴纳社保或要求员工承担全部社保费用（包括单位应缴部分），则属于违法行为。根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并承担单位应缴部分费用，不得通过协议免除法定义务。
实务建议
- 对员工：若单位提出“个人缴纳社保”，需谨慎评估是否影响自身权益（如生育津贴、工伤赔偿等），并要求单位出具书面说明，避免口头约定。
- 对单位：若员工主动要求自行缴纳，建议通过书面协议明确双方权利义务，并留存员工自愿放弃单位缴纳的证据，以降低法律风险。
总结：单位发放工资、个人灵活缴纳社保的合法性取决于双方是否协商一致且不违反单位法定义务。若单位强制或变相强制员工自行缴纳，则违法；若员工自愿且符合灵活就业条件，则需通过书面协议明确责任，以保障双方权益。如有具体纠纷或协议起草需求，可进一步向我咨询。