关于单位让职工缴纳灵活就业公积金是否合法的问题，这主要取决于具体的政策规定和单位与职工之间的协商情况。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，灵活就业人员自愿缴存住房公积金是一项政策性的住房储金制度，旨在帮助灵活就业人员解决住房问题。这一制度在多个地区已经得到推广和实施，如四川省就积极推动灵活就业人员参加住房公积金制度，并出台了相关政策文件进行规范。

从政策层面来看，灵活就业人员参加住房公积金制度通常是自愿的。这意味着，灵活就业人员可以根据自己的意愿和经济状况选择是否缴存住房公积金，以及缴存的金额和频率。同时，政策也鼓励单位为灵活就业人员提供缴存住房公积金的便利和支持，但这并不意味着单位可以强制职工缴纳。

对于您提到的“单位让职工缴纳灵活就业公积金”的情况，我们需要分几种情形来讨论：

1. 如果职工本身属于灵活就业人员，且单位愿意为其提供缴存住房公积金的便利（如代扣代缴等），同时职工也同意缴存，那么这种行为是合法的，且符合政策导向。

2. 如果职工并非灵活就业人员，而是单位的正式员工，但单位却要求其以灵活就业人员的身份缴纳住房公积金，这可能存在不合规的情况。因为正式员工通常应该按照单位与职工共同缴存住房公积金的规定来执行，而不是以灵活就业人员的身份单独缴存。

3. 如果单位强制职工缴纳灵活就业公积金，且职工不同意，那么这种行为显然是不合法的。职工有权拒绝单位的强制要求，并可以向相关部门进行投诉和举报。

建议：

• 对于职工来说，如果单位提出缴纳灵活就业公积金的要求，应该首先了解自己的身份和政策规定，明确自己是否有权选择是否缴存以及缴存的方式和金额。
• 如果职工对单位的要求有疑问或不同意，可以与单位进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 如果沟通无果或单位存在违法行为，职工可以向当地的住房公积金管理中心或相关部门进行投诉和举报，维护自己的合法权益。

综上所述，单位让职工缴纳灵活就业公积金是否合法，取决于职工的身份、政策规定以及单位与职工之间的协商情况。在大多数情况下，灵活就业人员自愿缴存住房公积金是合法的且受到政策鼓励的，但单位不能强制正式员工以灵活就业人员的身份缴纳住房公积金。