核心结论：正式员工入职后若发现存在“底案”（通常指违法犯罪记录等不良记录），用人单位需根据具体情况依法处理，既要保障企业用工安全，也要尊重劳动者合法权益。以下是具体分析：

1. 明确“底案”的法律性质

• 违法犯罪记录：若“底案”指员工曾被刑事处罚或行政处罚的记录，用人单位需区分记录类型与岗位关联性。根据《刑法》第100条及《刑事诉讼法》相关规定，刑事处罚记录（前科）仅在特定岗位（如涉及国家安全、公共安全等）中可作为限制条件，普通岗位不得歧视。
• 其他不良记录：如民事纠纷、信用违约等，需结合企业规章制度及岗位需求判断是否构成入职或履职障碍。

2. 入职后发现“底案”的处理原则

• 合法性审查：
  • 若员工在入职时未如实告知影响岗位的重大信息（如故意隐瞒犯罪记录），用人单位可依据《劳动合同法》第26条、第39条主张劳动合同无效或解除合同，但需证明该信息与岗位直接相关且员工存在主观故意。
  • 若企业规章制度明确规定“隐瞒不良记录属于严重违纪”，可依规处理，但制度需经民主程序制定并公示。
• 比例原则：
  • 解除合同需以“底案”影响履职或企业合法利益为前提。例如，财务岗位员工隐瞒贪污犯罪记录，企业可解除合同；但普通行政岗位员工隐瞒交通违章记录，则解除可能被认定为违法。

3. 操作建议

• 核实记录真实性：通过公安机关、法院等官方渠道核实记录，避免仅凭员工自述或第三方非权威信息处理。
• 评估岗位关联性：结合岗位性质（如涉及机密、财务、安全等）判断“底案”是否构成实质障碍。
• 依法履行程序：
  • 若决定解除合同，需通知工会（如有）、说明理由，并保留书面证据。
  • 避免在未核实情况下公开员工记录，防止侵犯隐私权。
• 协商解决：对非严重记录，可考虑调整岗位、培训或警告等替代措施，降低法律风险。

4. 风险提示

• 违法解除风险：若企业无法证明“底案”与岗位直接相关或员工存在故意隐瞒，解除合同可能被认定为违法，需支付赔偿金（2N）。
• 隐私侵权风险：未经员工同意擅自查询或传播其记录，可能承担民事赔偿责任。

总结：处理入职后发现的“底案”需平衡企业用工安全与劳动者权益，建议根据记录性质、岗位关联性及员工主观过错综合判断，并严格依法履行程序。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。