法定节假日三倍加班工资的计算与迟到问题需分开处理，迟到本身不影响三倍工资的法定标准，但用人单位可能依据内部制度对迟到部分进行扣减。具体分析如下：

1. 法定节假日三倍工资的法定标准
   根据《劳动法》第四十四条，法定节假日安排劳动者工作的，用人单位需支付不低于工资300%的工资报酬。这一标准是法定的最低要求，与劳动者是否迟到无关。例如：劳动者日工资为300元，法定节假日加班1天，用人单位至少需支付900元（300×3），即使劳动者当天迟到，三倍工资部分仍需全额支付。

2. 迟到可能引发的扣减问题
   若用人单位在规章制度中明确规定“迟到扣减当日部分工资”，且该制度已通过民主程序制定并公示（如职工代表大会讨论、劳动合同约定等），则用人单位可依据制度对迟到部分进行合理扣减。但需注意：

   • 扣减金额不得超过劳动者迟到时间对应的工资部分（如迟到1小时，扣减1小时工资）；
     
   • 扣减后劳动者当日实际工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 扣减规则需与迟到行为直接相关，不得变相降低法定节假日三倍工资标准。

3. 实务建议

   • 劳动者：保留加班证据（如考勤记录、加班通知）及工资条，若用人单位未支付三倍工资或不合理扣减，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
   • 用人单位：制定规章制度时需明确迟到与工资扣减的关联性，避免因规则模糊引发纠纷；法定节假日加班安排建议提前与劳动者协商，并书面确认加班时长及工资支付方式。

总结：法定节假日三倍工资是法定强制标准，迟到不影响其全额支付，但用人单位可依据合法制度对迟到部分另行扣减。若对具体计算或扣减规则有疑问，可进一步提供细节，我会为您详细解答。