核心结论：三倍工资当天迟到两小时的工资计算方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若用人单位已明确规章制度中关于迟到扣减工资的规定，且该规定不违反法律法规强制性规定
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若规章制度中明确迟到两小时属于“缺勤”或“旷工”，且规定了对应的扣减比例（如扣除当日工资的1/3），则用人单位可按制度执行，但需确保：

   • 规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等）；
     
   • 扣减后劳动者当月工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 扣减部分与迟到行为的因果关系合理（如未因迟到导致用人单位实际损失的，扣减比例不宜过高）。
     示例：若劳动者当日应得三倍工资为900元（假设日工资300元×3），规章制度规定迟到两小时扣除当日工资的1/3（即300元），则实际发放600元，但需确保剩余工资不低于最低工资标准。

2. 若用人单位规章制度未明确规定迟到扣减工资，或规定违法（如扣减后工资低于最低标准）
   用人单位无权单方面扣减工资，应全额支付三倍工资。根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。若用人单位以迟到为由拒付三倍工资，劳动者可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁主张权益。
   例外情形：若劳动者迟到行为导致用人单位直接经济损失（如因迟到错过重要合同签订导致违约赔偿），用人单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿，但需举证损失与迟到行为的直接关联性。

3. 三倍工资的适用场景需明确
   三倍工资通常适用于法定休假日加班（如春节、国庆等节假日）。若当日属于法定休假日，用人单位必须支付三倍工资，且不得以迟到为由免除义务；若当日属于休息日加班且未安排补休，则应支付两倍工资，此时迟到扣减规则同上。

建议：

• 劳动者可先核对劳动合同及用人单位规章制度中关于迟到扣减工资的条款；
  
• 若用人单位扣减工资违法，可收集考勤记录、工资条等证据，向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 用人单位应完善规章制度，明确迟到与工资扣减的合理关联，避免法律风险。
  

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