针对您提出的“经营过程中有违法所得，但实体法里没有没收违法所得处罚项时，违法所得应如何处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，没收违法所得与没收非法财物是两种不同的行政处罚手段，它们均由《行政处罚法》所设定，并同属于“财产罚”的类型。其中，没收违法所得是指行政主体依法将当事人因从事违法行为而获得的金钱或财产性收入强制无偿收归国有的一种处罚手段。

对于没收违法所得，《行政处罚法》第28条第2款已经作出了直接授权。这意味着，任何行政处罚机关在实施行政处罚时，如果发现当事人有违法所得，那么必须予以没收，而无需再依赖其他实体法律、法规的依据。这一规定的法理基础在于“不让违法者获益”，即确保违法行为不会给当事人带来任何经济上的好处。

然而，对于没收非法财物（如违法工具等），《行政处罚法》并未作出直接授权。因此，执法机关在执法过程中如果要没收当事人的非法财物，必须具有实体法上的法律、法规依据。如果没有法律、法规的直接依据，执法机关是不得没收当事人的非法财物的。这一规则的法理基础在于当事人的非法财物情况非常复杂，不能简单地作“一刀切”的处置，否则可能会违背过罚相当原则。

综上所述，针对您提出的问题，如果经营过程中有违法所得，但实体法里没有没收违法所得的处罚项，那么根据《行政处罚法》的相关规定，执法机关仍然有权没收当事人的违法所得，因为这是《行政处罚法》直接授权的。但如果是要没收非法财物，则必须具有实体法上的法律、法规依据。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。