针对您提出的“没收违法所得 税款怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、没收违法所得的定义与性质
没收违法所得是行政机关或司法机关依法对违法行为人通过非法手段获得的财物进行强制性剥夺的一种行政处罚方式。在税务领域，它主要针对纳税主体因税务违法行为而产生的非法收益，旨在剥夺其不法利益，维护税收秩序和公平竞争的市场环境。
二、没收违法所得在税务领域的应用
适用对象：主要适用于实施了税务违法行为的纳税主体，如偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税以及非法印制发票等行为的主体。
处理方式：税务机关在确认纳税主体存在税务违法行为并产生违法所得后，会依法进行没收。没收违法所得的同时，税务机关还可能根据违法行为的性质和情节，对纳税主体处以罚款、追征税款及滞纳金等其他处罚。
法律依据：没收违法所得的法律依据主要包括《行政处罚法》和《税收征收管理法》等法律法规。这些法律法规明确规定了没收违法所得的适用情形、程序以及与其他处罚方式的配合使用，确保了执法的规范性和公正性。
三、税款的处理
在没收违法所得的过程中，如果涉及到的违法所得中包含了应缴纳的税款，税务机关会按照以下方式处理：
追征税款：对于纳税主体因违法行为而未缴纳或少缴纳的税款，税务机关会依法进行追征，并加收滞纳金。滞纳金按日加收滞纳税款的万分之五，以督促纳税主体尽快履行纳税义务。
税款与违法所得的区分：在没收违法所得时，税务机关会明确区分税款和违法所得。税款部分会按照税收法律法规的规定进行追征和处理，而违法所得部分则会被依法没收。
四、综合处理措施
除了没收违法所得和追征税款外，税务机关还可能根据违法行为的性质和情节，采取其他综合处理措施，如：
罚款：对纳税主体处以一定数额的罚款，以加重制裁和惩戒。
停止出口退税权：对骗取出口退税的企业，税务机关可停止其一定时间的出口退税权利。
吊销税务行政许可证件：对严重违反税收管理规定的纳税人或扣缴义务人，税务机关有权吊销其税务行政许可证件。
纳税信用等级降低：税收违法行为将影响纳税人的信用等级，进而影响其商业信誉和融资能力。
五、法律救济途径
如果纳税人对税务机关的处理决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自身合法权益。但在复议或诉讼期间，除法定情形外，不停止执行税务处理决定。
综上所述，没收违法所得是税务机关对纳税主体税务违法行为进行处罚的重要手段之一。在处理过程中，税务机关会依法区分税款和违法所得，并采取综合处理措施来维护税收秩序和公平竞争的市场环境。如果您对此有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询税务机关或专业律师。