刑事没收违法所得后，行政机关的处理方式主要取决于违法所得的性质、没收程序以及相关法律法规的具体规定，通常包括接收、上缴、管理或处置等环节。以下从不同角度进行详细分析：

1. 接收与上缴
   在刑事诉讼中，若法院作出没收违法所得的判决或裁定，行政机关（如公安机关、海关、市场监管部门等）通常作为执行主体，负责接收被没收的财物。根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，违法所得应依法上缴国库，行政机关需在规定期限内完成上缴手续，并保留相关凭证以备核查。例如，公安机关在办理毒品犯罪案件中没收的毒资，需通过财政部门指定的渠道上缴国库。

2. 管理或处置
   若违法所得涉及特定物品（如违禁品、危险品、文物等），行政机关可能需根据《行政处罚法》《治安管理处罚法》或行业专项法规，对物品进行销毁、拍卖或移交专业机构处理。例如，市场监管部门没收的假冒伪劣商品，可能需委托环保部门无害化销毁；海关没收的走私文物，则需移交文物管理部门。此类处置需严格遵循法定程序，并留存书面记录。

3. 与行政处罚的衔接
   若刑事没收程序与行政处罚程序并行（如“先刑后行”或“刑行并行”），行政机关需根据《行政处罚法》第35条的规定，避免重复处罚。例如，若法院已没收违法所得，行政机关在后续行政处罚中不得再次没收同一笔财物，但可针对其他违法行为（如未取得许可经营）作出罚款、吊销许可证等处罚。

4. 跨部门协作与监督
   在复杂案件中，行政机关可能需与司法机关、财政部门、审计机关等协作完成没收财物的处理。例如，财政部门负责对上缴财物的清点、入库；审计机关可能对没收程序进行监督，确保合规性。行政机关需主动配合协作，并接受外部监督，防止程序瑕疵或权力滥用。

建议：若涉及具体案件，需结合违法所得的性质（如金钱、物品、虚拟资产等）、没收程序（如刑事判决、行政裁定）及行业法规，进一步分析行政机关的具体处理方式。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合实务经验提供针对性解答。