公司强制注册执业药师证的行为不合法。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律角度
劳动合同法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。这意味着，用人单位不得强迫劳动者从事非本职工作或违反其意愿的行为，包括强制注册执业药师证。
- 如果公司强制员工注册执业药师证，且该行为并非员工本职工作的一部分，也未经过员工同意，那么这种行为可能构成对员工权益的侵犯。
执业药师注册管理规定：
- 执业药师证的注册和管理通常遵循特定的行业规定和标准。这些规定旨在确保执业药师具备相应的专业知识和技能，以保障公众用药安全。
- 强制非药学专业或无意愿的员工注册执业药师证，可能违反这些行业规定，导致注册无效或面临行政处罚。
二、实际操作角度
员工权益保护：
- 员工有权拒绝从事非本职工作或违反其意愿的行为。如果公司强制员工注册执业药师证，员工可以提出异议，并寻求法律援助或向相关部门投诉。
- 员工应保留相关证据，如公司要求注册的书面通知、邮件等，以便在需要时证明公司的违法行为。
公司合规风险：
- 公司强制员工注册执业药师证可能面临合规风险。一旦被发现，公司可能面临行政处罚、声誉损害等后果。
- 公司应遵守相关法律法规和行业规定，确保员工注册执业药师证的行为合法合规。
三、建议与措施
公司层面：
- 公司应尊重员工的意愿和职业规划，不得强制员工从事非本职工作或违反其意愿的行为。
- 如果公司需要执业药师证来满足业务需求，应通过合法途径招聘具备相应资质的人员，或鼓励员工自愿参加相关培训和考试。
员工层面：
- 员工应了解自己的权益和义务，拒绝从事非本职工作或违反其意愿的行为。
- 如果遇到公司强制注册执业药师证的情况，员工可以与公司协商解决，或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。
综上所述，公司强制注册执业药师证的行为不合法。公司应遵守相关法律法规和行业规定，尊重员工的意愿和职业规划；员工也应了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如果您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。