公司未经员工同意，不得随意注销其执业药师注册证。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据与规定

根据《国家药监局关于印发执业药师注册管理办法的通知》(国药监人〔2021〕36号)及相关规定，执业药师注册证的注销需遵循法定情形，主要包括：

1. 本人主动申请注销注册：若执业药师本人希望注销注册，需主动向相关部门提出申请。
2. 身体健康状况不适宜继续执业：若执业药师因健康原因无法继续从事相关工作，可依法注销注册。
3. 无正当理由不在执业单位执业，超过一个月：若执业药师长期不在执业单位工作，且无正当理由，相关部门可依法注销其注册。
4. 死亡或被宣告失踪：执业药师若死亡或被宣告失踪，其注册证自然失效。
5. 丧失完全民事行为能力：若执业药师丧失完全民事行为能力，无法继续履行职责，可依法注销注册。
6. 受刑事处罚：若执业药师因犯罪行为受到刑事处罚，其注册证将被依法注销。

从上述规定可以看出，公司未经员工同意，不得随意注销其执业药师注册证。注销注册需基于法定情形，并遵循相应的法律程序。

二、公司行为的合法性分析

1. 无权擅自注销：公司作为执业药师的执业单位，并无权擅自注销其注册证。注销注册需基于执业药师本人的意愿或法定情形，并由相关部门依法办理。
2. 可能涉及的法律责任：若公司未经员工同意擅自注销其执业药师注册证，可能构成违法行为，需承担相应的法律责任。这包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。

三、员工权益保护与建议

1. 了解自身权益：执业药师应了解自己的注册证权益，包括注册、变更、注销等流程。在发现公司未经同意擅自注销其注册证时，应及时采取措施维护自身权益。
2. 与公司沟通协商：在发现公司行为不当后，执业药师可首先尝试与公司沟通协商，要求公司恢复其注册证或给予合理补偿。
3. 寻求法律援助：若沟通协商无果，执业药师可寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。这包括向相关部门投诉、提起民事诉讼等。

四、实际操作中的注意事项

1. 保留证据：在发现公司未经同意擅自注销其注册证后，执业药师应保留相关证据，如注销通知、沟通记录等。这些证据将有助于后续维权。
2. 及时行动：一旦发现公司行为不当，执业药师应及时采取行动，避免错过维权时机。拖延可能导致证据灭失或维权难度增加。

公司未经员工同意，不得随意注销其执业药师注册证。若公司擅自注销，执业药师应了解自身权益，与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。