公司无权直接注销你的执业药师注册证。以下是详细分析：

1. 执业药师注册证的注销主体
   根据《执业药师注册管理暂行办法》等相关规定，执业药师注册证的注销需由本人申请或监管部门依法撤销/吊销，公司作为用人单位并不具备直接注销的权限。即使你已辞职，公司也无权单方面操作注销流程。

2. 公司可能涉及的间接影响

   • 若公司未及时配合办理变更注册手续（如你已入职新单位），可能导致注册证过期或失效，但需注意这并非“注销”，而是因未履行法定义务导致的后果。
     
   • 若公司以“未交接工作”等理由扣押你的注册证或拒绝出具离职证明，可能涉及劳动法纠纷，但与公司是否有权注销证件无关。

3. 你的权利与应对措施

   • 主动管理证件：辞职后应尽快通过官方渠道（如国家药品监督管理局网上办事大厅）办理变更注册或注销注册（如需），避免因公司拖延影响证件有效性。
     
   • 法律维权：若公司擅自使用你的证件、扣押证件或拒绝配合变更注册，可向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司返还证件并赔偿损失。
     
   • 注意时效：执业药师注册证有效期为5年，到期前需申请延续注册，逾期未办理可能被注销，但这是你的主动义务，与公司无关。

总结：公司无权直接注销你的执业药师注册证，但需警惕公司不配合变更注册或扣押证件等行为。建议辞职后及时关注证件状态，主动办理相关手续，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。