外企公司警告单存档在合法合规的前提下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性基础

从法律层面来看，公司有权对员工的工作表现、行为规范等进行管理。警告单作为公司对员工违规行为或工作表现不佳的一种书面记录和警示方式，其存档本身并不违反法律法规。只要公司在发出警告单和存档的过程中，遵循了相关的法律法规和公司内部规章制度，就具有合法性。例如，公司应当确保警告单的内容真实、准确，反映了员工的实际行为情况；在发出警告单前，应当给予员工合理的申辩机会，保障员工的合法权益。

合法存档的具体要求

1. 内容真实准确：警告单上所记录的内容必须与实际情况相符，不能虚构或夸大员工的违规行为。如果警告单内容不实，不仅可能损害员工的名誉权，还可能在后续的劳动争议中使公司处于不利地位。例如，公司不能因为员工一次轻微的迟到就记录为“多次旷工”，这种不实的记录是不合法的。
2. 程序合规：公司在发出警告单和存档时，应当遵循公司内部规定的程序。这可能包括事先通知员工、给予员工申辩的机会、经过相关部门的审批等环节。如果公司没有按照规定的程序进行操作，可能会导致警告单的存档不合法。比如，公司没有事先告知员工将发出警告单，就直接存档并作为后续处理的依据，这种做法是不恰当的。
3. 保护员工隐私：虽然公司有权对员工的行为进行管理，但同时也应当保护员工的隐私权。警告单中涉及员工个人隐私的信息，如健康状况、家庭情况等，不应当随意公开或泄露。公司在存档警告单时，应当采取必要的保密措施，确保员工隐私不被侵犯。

可能的法律后果

如果公司警告单存档不合法，可能会面临以下法律后果：

1. 员工申诉或投诉：员工如果认为公司的警告单存档不合法，侵犯了自己的合法权益，可以向公司内部的相关部门进行申诉，或者向劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门有权对公司的行为进行调查和处理，如果发现公司存在违法行为，会责令公司改正，并可能对公司进行处罚。
2. 劳动争议仲裁或诉讼：在严重的情况下，员工可能会选择通过劳动争议仲裁或诉讼的方式来维护自己的权益。如果仲裁机构或法院认定公司的警告单存档不合法，可能会撤销相关的警告处理，要求公司恢复员工的名誉，并可能要求公司给予员工相应的赔偿。

建议

为了确保外企公司警告单存档的合法性，公司应当：

1. 制定完善的内部规章制度，明确警告单的发出条件、程序和存档要求等内容，并确保这些规章制度符合法律法规的规定。
2. 加强对员工的管理培训，让员工了解公司的规章制度和警告单的相关规定，避免因为误解而产生纠纷。
3. 在发出警告单和存档过程中，严格按照规定的程序进行操作，确保内容真实准确，并保护好员工的隐私。

如果你在外企公司警告单存档方面遇到了具体的问题，或者有其他相关的法律疑问，都可以直接向我咨询。